Ф. Терновский указывает, что Стефан прилежно следил «за современным движением полемики римско-католических богословов против православия»[441], основывая это утверждение на том, что в одной из его лекций встречается полемика с известным тогда иезуитом Феофилом Руткой (с которым дискутировали и Лихуды), однако содержательная сторона этой полемики (о примате папы) не затрагивала тех новых проблем, которые ставило время. Вообще, богословие митрополита Стефана подтверждает предположение, уже высказанное выше о киевской школе в целом. Ее ученость давала инструментарий для разрешения тех задач, под которые она была создана, – прежде всего задач антиуниатской полемики. Ее консерватизм, подпитываемый консерватизмом тридентской контрреформации, позволял ей успешно распознавать и критиковать протестантизм. Но она не дала ничего, или почти ничего, что двинуло бы богословскую мысль вперед. Святитель Димитрий Ростовский был исключением в этом отношении. Митрополит Стефан, судя по всему, нет.
В 1698 году он становится игуменом, в 1700 году по киевским делам приезжает в Москву, произносит в присутствии царя речь по случаю погребения боярина Алексея Семеновича Шеина и в одночасье становится митрополитом Рязанским. Возвышение пугало его, но царь не хотел ничего слушать. В октябре того же года скончался последний патриарх Адриан, и Стефан был поставлен в местоблюстители. Его положение как местоблюстителя было почетно, но стечением времени все менее значимо и все более двусмысленно. Правда, считается, что до 1712 года митрополит Стефан пользовался полным доверием царя[442], однако, вероятно, в самом Стефане происходила в эти годы тяжелая внутренняя борьба. Во всяком случае, на рукописях его проповедей этого времени, содержащих обличение современной жизни, не раз помечено рукой митрополита: non dictum – «не сказано»[443]. Святитель Димитрий вел себя тогда более мужественно. Как бы то ни было, через три года после его смерти Стефан решился выступить открыто и даже перейти от нравственности к политике. В 1712 году он произносит слово в день Алексия, человека Божия, – небесного покровителя царевича Алексия, где называет последнего «единой надеждой России». Проповедь вызвала возмущение сенаторов и охлаждение царя.
В 1713 году масло в огонь подлило дело о московских еретиках: лекаре Тверитинове и его учениках, проповедовавших нецерковное вольномыслие. Одного из них, цирюльника Фому, митрополит Стефан передал гражданским властям и настоял на его сожжении, чем вызвал неудовольствие двора. В 1818 году Стефана вызвали в Петербург по случаю суда над царевичем. Заключение иерархов, в котором царь призывался к оказанию милости подсудимому, очевидно, принадлежало его перу. В том же году состоялось его столкновение