В проигранном Нарвском сражении его дивизия принять участия не успела. На войну прибыл только в конце кампании, будучи назначен генерал-губернатором (воеводой) Новгорода. Отвечал за оборону города, а также Пскова, Печор, Гдова. Формировал новые полки. Вел в Приневье «малую войну» против шведов.
Первую самостоятельную операцию А.И. Репнин провел в Курляндии, куда был отправлен на помощь саксонцам и полякам, осаждавшим Ригу. Однако шведы нанесли союзникам поражение, и русским полкам пришлось возвратиться в Новгород, где они поступили под командование генерал-фельдмаршала Б.П. Шереметева.
В 1702 году князь Репнин и его 9 полков пехоты приняли участие во взятии Нотебурга. Весной 1704 года царь Петр I доверил другу детства, помимо его дивизии, еще полки лейб-гвардии Преображенский и Семеновский, а также Ингерманландский полк. Получился целый армейский корпус. Отличился во «второй Нарве».
Вскоре полки Репнина вновь выступили в поход на помощь союзному польскому королю Августу II. Оказавшись в Полоцке, Аникита Иванович умело повел «малую войну» против шведов в Курляндии и Литве. Участвовал во взятии Митавского замка.
Генерал от пехоты князь А.И. Репнин стал одним из главных героев знаменитого Гродненского маневра русской армии, когда она умело вышла из-под удара главной шведской армии и через Брест и Полесье вышла на линию государственной границы.
Когда король Карл XII выступил в Московский поход, русская армия преградила ему путь на реке Бабич у села Головчино. Дивизия князя Репнина занимала центр боевого порядка, но позиция была выбрана неудачно, а наемные военные инженеры совершенно неверно возвели полевые укрепления, дав возможность шведам совершенно беспрепятственно форсировать Бабич. Аникита Иванович во главе Гренадерского полка до последнего удерживал мост через реку, но был вынужден отступить. Часть его полков в лесу потеряла строй и порядок. Отход репнинской дивизии повлек за собой отход и всей армии.
Командир дивизии не смог оправдаться перед царем за понесенное поражение. Военный суд по царскому указу разжаловал генерала от пехоты князя А.И. Репнина в рядовые Преображенского полка. Это было сделано в назидание всем другим армейским командирам.
Головчинское «дело» надолго «приземлило» князя из Рюриковичей. Доверие царя начнет возвращаться к Аниките Ивановичу только после победы в сражении при Лесной, когда перед Петром I за Репнина отважно вступится один из главных героев той баталии, князь М.М. Голицын. Полное прощение другу детства царь сделает после Полтавы.
Впоследствии князь Репнин (он получил в командование другую дивизию) участвовал в блокаде и взятии Риги, став на долгие годы ее генерал-губернатором. Действовал в Померании