После воссоединения с Московским царством (1654) части украинских и белорусских земель влияние подобных школ на образование в Русском государстве усилилось. Церковный собор 1666–1667 гг., осудивший старый обряд, назвал основной причиной раскола невежество духовенства, была поставлена задача ввести для него систематическое школьное образование. Помощь в этом деле оказали Москве выпускники Киевской академии. Однако пока речь еще не шла о создании высшей школы на Руси. В школах продолжалось элементарное образование, греческий и латынь не изучались, а изучалась азбука, часослов, Псалтирь, письмо и пение. Обучение по преимуществу происходило в домах священников и дьячков, т. е. было делом частным, а не правительственным.
В букварях и азбуках того времени решалась следующая двуединая задача: обучение подрастающего поколения и его воспитание в духовно-нравственном аспекте. Через обучение по первому же учебнику дети получали фундаментальные основы духовно-нравственного воспитания и знакомились с православной культурой своей страны. Средствами для этого выступали: тексты духовно-нравственного содержания, в том числе отрывки из Священного Писания, например: притчи, наставления и нравоучения, молитвы, изложение заповедей и нравственных обязанностей человека, пословицы и поговорки, исторические рассказы и т. п.
В конце XVII в. в высшем русском духовенстве зреет мысль о создании греко-славянского просветительского центра. С этой целью в 1687 г. в столицу были приглашены греческие ученые братья Иоанникий (1639–1717) и Софроний (1652–1730) Лихуды, возглавившие греческую школу при Богоявленском монастыре. Эта школа потом влилась во вновь созданную Славяно-греко-эллинскую (позже – Славяно-греко-латинскую) академию (1687) – первое в Московской Руси высшее учебное заведение. Братья Лихуды содействовали развитию на Руси греческого богословия и византийской педагогической традиции, не отвергая при этом и европейской науки. Взяв за основу программы латинских школ Европы, педагоги попробовали перестроить их на православных источниках. Учебный материал осмыслялся с православных позиций, учащихся готовили к полемике с представителями других вероисповеданий. Учение начиналось грамматикой, потом – пиитика, риторика, логика, физика и т. д. до богословских наук. По воскресеньям и в праздничные дни учащиеся собирались в аудиторию и слушали проповеди или толкование библейской истории. Учреждением Московской славяно-греко-латинской академии, положившей начало духовным школам России, закончился первый период в истории русской педагогики – церковный период, характеризующийся, по словам Π. Ф. Каптерева, преобладающим