В дальнейшем идеями преподобного Иосифа Волоцкого (уже по его кончине) стали манипулировать те, кому потребовалось «идеологическое обоснование» вотчинных и имущественных притязаний монастырей. В итоге восторжествовала позиция «иосифлян» (Собор 1503 г.), подразумевавшая наличие у монастырей обширных владений, активную хозяйственную деятельность, неразрывную связь с миром. Передача традиции духовного воспитания, заключающаяся в духовных подвигах вдали от мира, стала затруднена. Подвижникам, выбравшим этот путь, приходилось полагаться на собственный опыт. Религиозное воспитание, несомненно, потеряло часть своей основы: постепенно акцент стал делаться не на очищении сердца и устремленности к высшим духовным ценностям, а на правильном исполнении обрядов. Нил Сорский старался развить внутреннее благочестие, не стесняя жизни монахов подробными дисциплинарными требованиями. Устав монастыря Иосифа Волоцкого содержал подробнейшее описание внешних порядков и монастырской дисциплины. В строгом их исполнении преподобный Иосиф Волоцкий видел главное средство поддержания монастырской нравственности. Но при этом положительной стороной наличия земельных владений и широкой хозяйственной деятельности монастырей стала их социально-просветительская деятельность.
На протяжении XVI в. в России возникло около 100 монастырей. Отличительной особенностью этого времени стало создание монастырей на окраинах России. Соответственно, главным их предназначением становилась миссионерская деятельность. Это, например, Александро-Свирский монастырь, основанный преподобным Александром Свирским на реке Свирь в Карелии. В это время, в связи с завоеванием Иваном Грозным Казанского ханства, православие стало распространяться среди языческих народов – мордвы, черемиса (мари) и др. Примечательно, что не было насильного насаждения православия. Об этом говорит тот факт, что татары, бывшие мусульманами, таковыми в подавляющем своем большинстве и остались. Монахи основанных на землях язычников монастырей вели миссионерскую работу, благотворительную и просветительскую деятельность.
XVII в. начинался для России трудно и бедственно – великой Смутой. В этот период православные русские монастыри помогали государству не только материальными средствами, но и нравственным влиянием на дух русского народа – из обителей, например, рассылались грамоты, призывавшие русских людей к борьбе с врагами. Они становились приютами для спасения гонимого, разоренного народа.
Вторая половина XVII в. стала переломной для России, в том числе и для практики религиозно-нравственного воспитания. Число монастырей увеличивалось, но при этом монашеская жизнь ослабевала в том своем значении, о котором проповедовали Сергий Радонежский и Нил Сорский. В конце XVII – начале XVIII в. насчитывалось около 600 монастырей, имевших крепостные дворы. Примерно столько же было