Захватившая власть Изабелла привлекла к себе часть служилого дворянства, но его оказалось недостаточно для борьбы с обнаглевшими рыцарями, и тогда правительница призвала под свои знамена народ. Почувствовав сильную руку, способную навести порядок, служилое сословие и города поддержали Изабеллу. Горожане образовали костяк войска королевы. Церковь примкнула к правительнице, дала из своей среды сотни образованных людей, возглавивших новую государственную машину. Мелкие незаметные клирики стали казначеями, экономами, фискалами, заняли светские должности. Изабелла создала армию, заручилась поддержкой священников, прошла Кастилию из конца в конец, покоряя и уничтожая осиные гнезда феодалов. Только в Галисии она разрушила сорок шесть замков, служивших источником разбоя и сепаратизма, запретила строить новые. Королева взяла средства на войну у трех рыцарских духовных орденов, обладателей больших земельных владений с миллионами овец. Для этого она сделала главой орденов своего мужа. Сокрушив мечом недовольную знать, Изабелла в 1480 году лишила ее дарованных предшественником привилегий, пожалований, земельной собственности, приобретенных незаконным путем.
Слуги королевы наладили сбор податей, взяли под контроль прибыльные отрасли, но денег не хватало на выплату жалования армии, подавлявшей отдельные очаги неповиновения. Изабелла вспомнила об инквизиции, позволявшей уничтожить противников, наполнить государственную казну.
Королеве давно говорили о положительной роли инквизиции в укреплении абсолютизма. Опыт Арагона показывал выгоды от создания карательного органа. За введение инквизиции в Кастилии горячо ратовали инквизитор Сицилии Барберис и папский нунций в Испании, Николас Франко. Рим одобрил желание Изабеллы, Сикст IV специальной буллой уполномочил королей учредить в Кастилии инквизицию с правом арестовывать и судить еретиков, конфисковать их собственность в пользу короны, папского престола, самих инквизиторов. В сентябре 1480 года были назначены главными инквизиторами доминиканцы Мигель Морильо и Хуан де Сан-Мартин, обосновавшиеся в начале следующего года в Севилье.
Первое распоряжение Священного трибунала повелевало светским властям в течение пятнадцати дней арестовать сменивших место жительства иудеев и мавров (узнав об инквизиции, народ убегал из городов), доставить в Севилью, конфисковать их собственность. Выполнить приказ помогали члены Святого братства, созданного в 1476 году наподобие русской опричнины. Брат короля Фердинанда V командовал его отрядами (эрмандадами).
Арестованных свозили в Севилью, помещали в монастыри, замки Трианы. Начались массовые казни. Отказавшихся признать себя виновными отлучали от Церкви, посылали на костер. Отрекшихся от прежней веры пороли, лишали всех прав, заточали в тюрьму, лишали имущества. Дело оказалось прибыльным, количество смертей увеличилось. Для казни еретиков устроили помост «кемадеро», что значило – жаровня или крематорий.