9 июля начальник упомянутой группы церковных дел Вильден уже указал уполномоченному МИД на необходимость обеспечить, чтобы архиепископ Серафим в обозримом будущем отказался от управления. Вильден полагал необходимым выбрать трех епископов (в том числе двух украинцев), чтобы собрать Архиерейский Собор и образовать Синод. Хиротонию новых архиереев могли бы провести два оставшихся в Генерал-губернаторстве иерарха Польской Церкви: митрополит Дионисий и епископ Тимофей (Шрёттер). Второй вариант предусматривал Хиротонию епископов Вселенским Патриархом, при этом кандидатам необязательно надо было ехать в Турцию; Патриарх якобы мог поручить хиротонию двум архиереям из Протектората или бывшей Австрии. Вероятно, здесь имелись в виду проживавшие в Праге и находившиеся в юрисдикции Константинопольского Патриархата чешский архиепископ Савватий (Врабец) и русский епископ Сергий (Королев). Вильден предлагал запросить согласие патриарха через немецкое посольство в Анкаре и считал, что тот не откажется[39]. В целом второй вариант выглядел утопично, и от него вскоре отказались.
23 сентября 1940 г. митрополит Дионисий, принеся клятву верности генерал-губернатору Франку, вернулся к управлению Церковью. А 2 ноября состоялась архиерейская Хиротония епископа Холмского и Подляшского Илариона (Огиенко), которую совершили владыка Дионисий, епископ Тимофей и приехавший из Праги архиепископ Савватий (Врабец). Так как последний находился в юрисдикции Константинопольского Патриархата, это, по мнению немецкого МИДа, означало косвенное признание хиротонии (да и в целом Православной Церкви Генерал-губернаторства) Патриархом Вениамином[40]. По свидетельству известного чехословацкого деятеля Ивана Рохана, сделавшего это заявление в Париже 30 декабря 1940 г., во Вселенском Патриархате и Элладской Церкви было достаточно церковных деятелей – германофилов[41]. При этом во второй половине 1941 г. Константинопольский Патриарх все-таки выразил папе Пию XII протест по поводу жестоких преследований сербов в профашистской и прокатолической Хорватии, а в дальнейшем, после получения негативного решения Синода Сербской Церкви от 30 апреля 1942 г., отказался признать неканоничную автокефальную Хорватскую Православную Церковь[42].
21 сентября 1941 г. здания Константинопольской Патриархии сильно пострадали от пожара в квартале Фанар. Сгорели половина домов Патриархии, канцелярии разных отделов, часть патриаршей церкви, зал заседаний Священного Синода и парадная трапезная, во время тушения огня оказались повреждены архивы, ризницы и музей церковных ценностей. Среди насельников Патриархии жертв не было, при этом больного Патриарха Вениамина I вынесли из спальни и перевезли в частный дом (пострадавшие от пожара здания частично восстановили только к лету 1943 г.)[43].
Кроме того, 11 ноября 1942 г. Великое национальное собрание по предложению турецкого