Следует отметить, что материалы аналогичных фондов в германских и российских архивах в основной массе не повторяются и взаимно дополняют друг друга. Дело в том, что только часть документации различных ведомств Третьего рейха была вывезена в СССР, другая же часть осталась в Германии. И если довоенный период национал-социалистической политики по отношению к Русской Церкви лучше документирован в российских архивах, то военный, напротив, в германских. Поэтому исследователям необходимо работать и в тех и в других. Трофейные же немецкие акты, вывезенные в США, в настоящее время скопированы, и их можно просмотреть в Федеральном архиве Берлина и Институте современной истории в Мюнхене.
Были использованы документы из четырех сербских архивов: Архива Югославии в Белграде (АрхивJугославиje, Београд), Архива Сербии в Белграде (Архив Србије, Београд) – фонд Г/3 Министерства просвещения и религии (Министерство просвете и вера), Архива города Белграда (Архив града Београда) – фонд Немецкой службы безопасности (Немачка служба безбедности) и Музея Сербской Православной Церкви в Белграде (Музеј Српске Православие Цркве Београд) – фонд Загребской митрополии (Митрополита Загребачска – Хрватска Православна Црква).
Автор смог посмотреть хранящиеся в Хорватском государственном архиве в Загребе (Drzavni arhiv hrvatske u Zagrebu) материалы архивно-следственного дела митрополита Загребского Гермогена (Максимова) и большой группы других священнослужителей и мирян различных конфессий, осужденных по указанию коммунистического руководства Югославии Военным трибуналом при коменданте г. Загреба 29 июня 1945 г. (д. K 167/1945).
Также удалось получить переводы некоторых документов Синода Элладской Православной Церкви за 1941–1943 гг., хранящихся в Исторической архиве Священного Синода Элладской Церкви в Афинах (Historical Archives of the Holy Synod of the Greek Church – HAHS).
По-своему уникальная ситуация существует в Болгарии – Болгарская Церковь единственная из Православных Церквей Восточной Европы полностью передала свои документы за годы Второй мировой войны и послевоенный периоды в государственный архив, где они полностью доступны для исследователей. Автором была предпринята поездка в Софию, где он работал прежде всего в Центральном государственном архиве Болгарии (Централен държавен архив – ЦДА). Здесь были изучены как фонды занимавшихся церковными делами учреждений и ведомств этой страны, так и документы самой Болгарской Православной Церкви 1930–1945 гг., прежде всего фонд Священного Синода (ф. 791к). Кроме того, использовались некоторые документы находящегося в Софии Центрального партийного архива (Централен партиен архив – ЦПА). Удалось изучить и некоторые материалы в Архиве Рильского монастыря в Болгарии.
Автор работал и в двух архивах, содержащих русские церковные документы, американских университетов. Первый из них – Бахметьевский архив русской и восточно-европейской истории