В декабре 1918 г. в печати снова развернулась дискуссия о ВЧК. В этом же месяце возник конфликт в связи с утверждением члена коллегии ВЧК М.Ю. Козловского о незаконных репрессиях ВЧК. 19 декабря 1918 г. Бюро ЦК РКП (б) заслушало доклад Дзержинского о заседании ВЧК, на котором было решено обратиться в ЦК о разрешении конфликта между Козловским и остальными членами коллегии. Дзержинским было отмечено, что в печати за последнее время печатались статьи о деятельности ВЧК, носившие «не столько деловой характер, сколько злобное отношение».
После обсуждения выступления председателя ВЧК было предложено НКЮ временно заменить Козловского в качестве представителя комиссариата в ВЧК до разрешения конфликта, разбор конфликта поручит И.В. Сталину; «на страницах партийной и советской печати не может иметь место злостная критика советских учреждений, как это имело место в некоторых статьях о деятельности ВЧК, работы которой протекают в особо тяжелых условиях»25.
8 января 1919 г. Каменев направил В. И. Ленину проект резолюции о реформе революционных трибуналов и чрезвычайных комиссий, который предусматривал немедленную ликвидацию ВЧК и всех ее местных органов, а борьбу с контрреволюцией передать революционным трибуналам. 20 января 1919 г. ВЧК представила В. И. Ленину «Положение о Всероссийской чрезвычайной комиссии и губчк», в котором обосновывались принципы деятельности ВЧК, принятые ВЦИК 28 октября 1918 г. с соответствующими изменениями, внесенными в последующем.
Во второй половине января 1919 г. В. И. Ленин не поддержал Н.В. Крыленко, посоветовав удовлетворить просьбу Ф.Э. Дзержинского. – «Он формально прав, а Крыленко суетится зря – мое таково впечатление». Это было ответом на письмо Крыленко, в котором сообщалось, что Дзержинский потребовал заставить уголовный розыск выдать ЧК дело – карточки бандитов. Он выполнил эту просьбу, но Н.В. Крыленко и К.А. Розмирович утверждали, что это помешает расследованию. Видимо, речь шла об учетных карточках на членов крупных бандитских шаек Я. Кошелкова, Н. Сафонова, Г. Плещинского, орудовавших в Москве и Московской губернии26.
29 января 1919 г. началась новая дискуссия о ВЧК. Вопрос стоял о самом ее существовании. 20 января были ликвидированы уездные ЧК. Некоторые советские работники считали, что наиболее тяжелый период Гражданской войны прошел, контрреволюция разбита наголову, политические преступления становятся редким исключением.
Руководители НКЮ разработали проект реорганизации ВЧК и ревтрибуналов, который предусматривал изъятие у ВЧК права на внесудебное разрешение дел и сохранение их лишь как органов розыска и пресечения. Согласно проекту органы ВЧК должна быть подчинена ревтрибуналам и работать под их контролем.
Против ликвидации ЧК решительно возражали Дзержинский, Я.Х. Петерс и ряд других советских и партийных работников. 30 января Дзержинский выступил с докладом на Московской общегородской конференции