При этом в Отделении IV «О замене одних наказаний другими» была предусмотрена возможность смягчения назначенного наказания: ст. 55 «Смертная казнь с лишением всех прав состояния, по особому Высочайшему соизволению, а в военное время по распоряжению главнокомандующего, в силу предоставленного ему права, может быть заменена: для осужденного к разстрелянию – совершением над ним одного лишь обряда разстреляния, а для приговореннаго к повешению – поставлением его под виселицею на публичном месте, с позорным лишением воинской чести. Сия казнь знаменует политическую смерть, и за оною следует всегда ссылка в каторжные работы без срока или на определённое время».
В ходе подготовки к судебному следствию Лев Николаевич Толстой предварительно встречается с полковником Юношей, сообщает ему о том, что будет выступать в суде защитником рядового В. Шабунина. Полковой командир довольно трезво, а потому скептически оценивает сложившуюся ситуацию: «Однако я не считаю возможным скрыть от вас, граф, что военные законы, особенно относительно нарушения дисциплины и такого тяжкого нарушения, как это сделал Шабунин, – весьма строги, а самый факт предания его военно-полевому суду уже почти предрешает вопрос о наказании. Там мало статей, говорил Юноша, но они категоричны: или смертная казнь, которая по особо уважительным причинам может быть заменена тяжелой каторжной работой, или полное оправдание. Впрочем, простите, граф, я совершенно упустил из виду, что вам, как отставному военному, да ещё севастопольскому защитнику, наши законы известны не хуже, нежели мне, – поторопился оговориться полковой командир» (Бирюков П.И. Биография Льва Николаевича Толстого. Кн. 1. М.: ГИЗ, С. 32).
В качестве адвоката Лев Николаевич получает разрешение полкового начальства посетить арестованного в камере и ознакомиться со всеми материалами предварительного следствия по уголовному делу. В канцелярии полка выясняется, что обвинительное заключение рядовому уже подготовлено, но пока ещё не предъявлено. То есть предварительное дознание проведено самим военным начальством, что было предусмотрено ст. 1218 Военно-судебного устава, правда, для периода военного времени.
По обязательному требованию, при подготовке к суду Шабунина обследовали полковые лекари, которые установили у него необщительность, склонность к уединению, алкогольную зависимость, но ничего такого, что могло бы помешать привлечению его к уголовной ответственности: солдат психически здоров и вменяем. Тем не менее Лев Николаевич планирует собственную стратегию защиты, основанную именно на психическом нездоровье или внезапном помешательстве подсудимого. После двухчасовой беседы с солдатом граф вышел из арестантской абсолютно убеждённым, что его подзащитный «идиот» в медицинском смысле этого термина: