Когда Мурад назначил Мехмеда султаном на свое место, он приказал своему верному визирю Чандарли Халил-паше оставаться с ним в Эдирне. Члены семьи Чандарли были первыми министрами османского дома практически непрерывно со времен правления Мурада I; эти близкие отношения пережили и поражение от Тимуридов и жестокую гражданскую войну, а Чандарли Халил сменил своего отца Чандарли Ибрахим-пашу в середине 30-х годов XV века. Чандарли Халил полагал, что Мехмед еще слишком молод, а его окружение ненадежно. Такие люди как Заганос Мехмед-паша, Саруджа-паша и талантливый военачальник Шихабеддин Шахин-паша были «профессиональными османами». В отличие от пограничных вождей, таких как Эвреносогуллары или старинные мусульманские семьи Малой Азии, такие как Чандарли, они принадлежали к новой породе рожденных в христианских семьях государственных мужей, которые обрели положение в правление Мурада, будь то византийские перебежчики или молодые новобранцы (дань). Восстание шейха Бедреддина показало неустойчивость османского государства и послужило доказательством того, что вера, которую оно исповедует, должна стать его краеугольным камнем. Поэтому султан увеличил дань юношами-новобранцами в качестве надежного источника преданной военной силы, чьи обращенные рекруты исповедовали религию его династии и его двора.
Высокое положение Чандарли Халил-паши вызывало сильную зависть клики, окружавшей Мехмеда, который столкнулся с правлением отличным по характеру от того стабильного баланса сил в Малой Азии и Румелии, к которому его заботливо готовили Мурад и его советники. Чандарли Халил боялся разрешить полному энтузиазма молодому султану возглавить армию против крестоносцев и, будучи обеспокоенным гражданским неповиновением в Эдирне, понял, что выбор у него только один – вернуть Мурада, пребывавшего в Манисе. Отправившись из Малой Азии в Эдирне, Мурад не стал входить в город, а повел свою армию прямо на передовые позиции венгров. Великая битва при Варне на румелийском побережье Черного моря произошла 10 ноября. Флот, доставлявший крестоносцев с Запада, еще не достиг Константинополя, и хотя из-за этого армии короля Венгрии и Польши Владислава и трансильванского воеводы Хуньяди вынуждены были сражаться в одиночку, поначалу они побеждали. Тем не менее к вечеру король Владислав был убит, а его войска бежали. Положительный исход этого сражения был достигнут в равной степени благодаря той эффективности, с которой командующий Мехмеда Шихабеддин Шахин-паша перекрыл балканские перевалы, ведущие в долину Фракии, и полководческому искусству Мурада. Правда, это был еще не конец: на следующий год флот крестоносцев атаковал османские позиции на Дунае в союзе с Хуньяди и валашским воеводой, но снова Шихабеддин Шахин-паша успешно командовал защитой.
В течение первых месяцев своего правления Мехмед доказал свою независимость от отца, предприняв беспрецедентный шаг