Турок спешно перевезли в горный пансионат в Аштском районе, а самых активных зачинщиков беспорядков доставили в Навгарзан и показали, что турки оттуда вывезены.
Однако экстремисты узнали об их местонахождении. 10 июня в сторону пансионата двинулась колонна грузовиков, набитых молодчиками, вооруженными холодным, а отчасти и огнестрельным оружием. Всего ехало, по оценкам, 350–400 человек. Дорога к пансионату была своевременно перекрыта вертолетным десантом ВВ. Чтобы остановить колонну, снова пришлось применить оружие на поражение.
11.06.1989. В этот день внутренние войска смогли полностью овладеть обстановкой. Массовых беспорядков в области больше не происходило. Все попытки поджогов были пресечены. В ночь с 10 на 11 июня у въезда в Коканд было совершено нападение с применением огнестрельного оружия на наряд ВВ (наряд обстреляли из пистолета с проезжавшего мотороллера), был тяжело ранен курсант. В поселке Комсомольский неизвестные пытались поджечь магазин. В Кировском районе той же ночью 10 местных жителей пытались поджечь дом турка. В поселке Бешбола Узбекистанского района разграблены 4 дома турок.
В Маргилане во время комендантского часа был застрелен водитель машины, не остановившийся по требованию патруля. В подобных же ситуациях было ранено еще 2 человека. В ночь с 11-го на 12-е в пригороде Маргилана группа неизвестных напала на наряд ВВ, но была рассеяна огнем, 1 солдат был ранен.
До конца 1989 года сохранялся режим комендантского часа. Продолжалась начатая 9 июня эвакуация турок в Россию военно-транспортной авиацией (завершена к 18 июня). Всего было вывезено 16 282 человека. Перед посадкой в самолеты туркам предлагали выписаться с мест прежнего проживания.
Задним числом эвакуация была оформлена Постановлением Совета Министров СССР № 503 от 26 июня 1989 года. Вывоз турок в шесть областей Российского Нечерноземья был санкционирован личным распоряжением Председателя Совета Министров СССР Н. И. Рыжкова, что он позднее признал в своих мемуарах.
В Ферганской области еще во время событий приступила к работе объединенная оперативно-следственная бригада Генеральной прокуратуры, МВД и КГБ СССР, которую возглавил заместитель начальника следственной части Генеральной Прокуратуры СССР А. В. Фролов. В составе бригады было 16 следственно-оперативных групп, включавших более 400 работников правоохранительных органов, в том числе около 230 следователей МВД и Прокуратуры.
По данным комиссии ЦК Коммунистической партии Узбекской ССР, во время июньских событий погибло 103 человека, из них 52 турка-месхетинца, 36 узбеков, травмы и увечья получило 1011 человек,