В дискуссию первым вступил Барклай-де-Толли, подвергший критике позицию под Москвой, и предложивший отступать: «Сохранив Москву, Россия не сохраняется от войны, жестокой, разорительной. Но сберегши армию, ещё не уничтожаются надежды Отечества, и война… может продолжаться с удобством: успеют присоединиться в разных местах за Москвой приготовляемые войска». Он предложил отступить на Владимирский тракт и далее к Нижнему Новгороду, чтобы в случае разворота Наполеона к Петербургу успеть перекрыть ему путь.
Это мнение – (в разном «формате» – Я.Н.) – поддержали Остерман-Толстой, Раевский и Толь. Последний указывал, что истощённая Бородинским побоищем армия не готова к новому столь же масштабному бою, тем более, что многие командиры выведены из строя ранениями. В то же время отступление армии по улицам Москвы произведёт тягостное впечатление на горожан. На это Кутузов возразил, что «армия французская рассосётся в Москве, как губка в воде», и приказал отступать через Москву на Рязанскую дорогу.
Опираясь на мнение разумного меньшинства, Кутузов принял решение, не давая сражения на неудачной позиции, оставить Москву (ибо, по его словам, повторявшим Барклая-де-Толли, «с потерей Москвы не потеряна ещё Россия»), чтобы сохранить армию для продолжения войны, а заодно сблизиться с подходящими резервами. Это решение требовало определённого мужества, так как мера ответственности за сдачу исторической столицы неприятелю была очень велика и могла обернуться для главнокомандующего отставкой. Никто не мог предсказать, как это решение будет воспринято при дворе и, тем более, наилукавейшим и крайне мнительным самодержцем Всея Руси.
По окончании совета Кутузов вызвал к себе генерала-интенданта Д. С. Ланского и поручил ему обеспечить подвоз продовольствия на Рязанскую дорогу. Армии, которая готовилась к бою, был отдан приказ отступать, вызвавший всеобщее недоумение и ропот. Отступление по городу производилось ночью. Решение об отступлении застало врасплох и московские власти во главе с графом Ростопчиным.
После двух дневных переходов русская армия свернула с Рязанской дороги к Подольску на Старую Калужскую дорогу, а оттуда – на Новую Калужскую. Поскольку часть казаков продолжала отступать на Рязань, наполеоновские лазутчики были дезориентированы и Наполеон в течение девяти дней не имел представления о местонахождении русских войск.
Ближе к вечеру 14 сентября в опустевшую Москву вступил Наполеон. Военным губернатором был назначен маршал Мортье, комендантом крепости и города – Дюронель. Уже в ночь с 14 на 15 сентября город был охвачен пожаром, который к ночи с 15 на 16 сентября усилился настолько, что Наполеон был вынужден покинуть Кремль.
Причин возникновения пожара могло быть несколько: то ли организованный поджог при оставлении города (обычно связываемый с именем генерал-губернатора