После первых стычек, несмотря на всю храбрость французских войск, руководимых Сюше и Сультом, Генуя оказалась отрезанной от любой помощи извне, а с 6 апреля, с выходом на позиции мощной английской эскадры, она была полностью окружёна и с суши, и с моря. Тем не менее, боевой дух французов был высок, и Массена был намерен держаться до последней возможности.
Геную защищали мощные естественные и искусственные преграды, но Массена решил действовать агрессивно. Уже 7 апреля он приказал атаковать Монте Рати. Австрийцы оказались отброшенными от Аппенин, потеряв 1.5 тыс. только пленными. 9 апреля Массена начал отчаянный прорыв на соединение с остальными французскими силами, которыми командовал Сюше. Хотя Массена оказался отрезан всего с 1,2 тыс. чел., а у австрийцев было ок. 10 тыс. чел., он продолжал свои дерзкие вылазки из городской цитадели, нанося австрийцам большие потери.
И все же, со временем ему пришлось отказаться от активных действий, да и Сюше в начале мая оказался отброшен к Ницце и далее за реку Вар.
Австрийцы Меласса расположились следующим образом: 25 тыс. генерал Эльсница стоял на реке Вар – против Сюше; 30 тыс. генерала Отт блокировали Геную; 12 тыс. генерала Кайма наблюдали за проходом Сени; 9 тыс. Гаддика – за выходом у Ивреи, а 10 тыс. Вукасовича – за выходом со стороны Сен-Готарда. Тогда как все остальные войска (34 тыс.) занимали крепости Пьемонта, Ломбардии и Тосканы.
В первоначальных планах Бонапарта был глубокий обход на Сплюнген и Бергамо, но задержка с походом на Рейне (Край ещё не был отброшен к востоку) не позволяла рисковать так сильно. К тому же, тяжелое положение Массены вынуждало сократить этот обходной маневр. Приходилось воспользоваться путями от Женевы через Сен-Бернар или Симплон, или Сен-Готард. Последний маршрут оказывался на значительном удалении, правда, уже был занят 15-тысячными войсками Монсея (дивизии Лоржа и Ла Пуапа), направленными Моро на подкрепление Резервной (Итальянской) армии. А вот два первых маршрута были примерно одинаковые по сложности. Впрочем, Сен-Бернарский был все же короче (ок. 70 километров) и позволял оказаться непосредственно в тылу неприятельской армии Меласса.
Несмотря на всю растянутость позиций австрийских войск, они прикрывались Альпийскими горами, считавшимися в то время года непроходимыми, по крайней мере, для крупных воинских соединений. Кроме того, их охраняли 30 тыс. войск Кайма, Гаддика и Вукасовича. Правда, Мелас не обратил внимания на крепость Иврею и не поготовил её к обороне. А ведь именно она могла бы стать серьезным камнем преткновения.
В общем, все зависело от того, насколько искусно генерал Бонапарт осуществит свой марш-бросок-маневр через Альпийские перевалы.
14 мая через Большой Сен-Бернар главная масса войск направилась по-эшелонно – дивизия за дивизией –