Приведя к власти генерала Бонапарта, «адвокатишка» Сьейес совершил роковую ошибку. Он-то полагал, что «мавр сделает свое дело» и, получив громадное денежное содержание и множество парадных функций, не будет претендовать на реальную власть, доверив это слишком хлопотное для военного человека дело другим, прежде всего тому же Сьейесу. Как ехидно выражался потом по этому поводу сам Бонапарт «мне была уготована роль поставленного на откорм борова с жалованьем в несколько миллионов франков». Сьейес быстро понял свою промашку – «Господа! У нас есть повелитель – этот молодой человек все знает, все может и все хочет!» – уже было поздно.
Бонапарт и Сьейес разошлись миром: последнему отписали доходное государственное имение Крон с роскошным замком, сделали сенатором, членом Французской академии, дали очень доходную должность председателя Сената (с окладом в 350 тыс. франков), правда, на некоторое время, а в 1808/1809 г. (данные разнятся) произвели в графы Империи. Зато после падения империи Наполеона у Сьейеса начались очень большие неприятности. Как член Конвента, проголосовавший за гильотинирование Людовика XVI, он был вынужден скрываться в Брюсселе, где провел отнюдь не лучшие в своей жизни долгих 15 лет. Он смог вернуться в Париж только после Июньской революции 1830 г., когда ему было уже за 80 лет. В ту пору он хотел только одного: спокойно и благополучно дожить свой век, но его мучили кошмары, связанные с его бурно-кровавым прошлым. Чаще всего, ему являлись туманные образы главарей якобинской диктатуры для уничтожения которых он сделал немало. Тогда полуслепой старик донимал своего слугу категоричными наставлениями: «Если ко мне зайдет господин Робеспьер, то скажите ему, что меня… нет дома!!!» Незадолго до смерти он изрек историческую фразу: «Для блага Франции лучше было бы, если бы я назначил на роль „моей шпаги-сабли“ ярого республиканца генерала Моро!»
Один из главных «серых кардиналов» французской революции, оказавший весьма существенную поддержку своим влиянием на депутатов во время приготовлений к перевороту 18 брюмера в пользу генерала Бонапарта, составивший проект новой конституции, существенно, впрочем, изменённый Бонапартом, тихо ушел в Мир Мрака и Теней, всеми забытый в 1836 г. Он немного не дотянул до 90 лет, скончавшись в возрасте 88 лет и был похоронен