Еще до прихода на Лену воевод, Парфен Ходырев, бывший в то время приказным человеком Ленского острожка, набрал и отправил для сбора ясака на вновь открытых «заморских реках» Яне и Индигирке два отряда служилых людей. Во главе одного из них на Индигирку ушел Постник Иванов, второй отряд, – на Яну, повел Дмитрий Зырян. С ним ушел к морю и Семен Дежнев. Собранную у янских якутов соболиную казну, – 340 соболей и две чернобурых лисицы, Зырян весной 1641 года отослал с Дежневым в Якутск в сопровождении трех казаков. Семен оказался на Лене как раз в то время, когда началось следствие над Ходыревым. Среди служилых людей, допрошенных по ходыревскому делу, упоминается и Дежнев. Он, видимо, немало знал о коммерческих проделках Парфена.
К этому времени относится прибытие в Якутск государева указа по делу о столкновении в 1639 году отряда Парфена Ходырева с томскими казаками атамана Копылова. В Москве посчитали, что главным виновником тех событий явился Парфен. Уничтожение в ходе столкновения тридцати ясачных якутов трактовалась, как прямое нанесение ущерба государевой казне. Петру Головину и Матвею Глебову предписывалось провести сыск в отношении провинившегося Парфена Ходырева с применением, если будет в этом необходимость, пытки, чтобы «вперед бы иным служилым людем так неповадно было воровать». Прибывший указ только подлил масла в огонь, – теперь уже не только служебная карьера, но и сама жизнь Парфена Ходырева оказалась на волоске.
Головин, энергично взявшись за дело, прежде всего, принял меры, направленные на усиление контроля над сбором ясака, пушными промыслами и торговыми оборотами с целью предотвращения хищения мягкой рухляди и обеспечения полного сбора десятинной пошлины. Этим воевода вызвал бурное негодование недобросовестных русских промышленников, служилых и торговых людей. В своем противодействии нововведениям они сумели заручиться поддержкой второго якутского воеводы – стольника Глебова и дьяка Ефима Филатова. Русское общество на Лене, таким образом, раскололось надвое, положив начало воеводскому противостоянию.
Нельзя не видеть, что при всей своей жесткости и нетерпимости к хищению пушнины, Головин старался быть объективным и справедливым при рассмотрении таких дел. Об этом свидетельствуют сохранившиеся документы.
Вернувшийся с Яны Семен Дежнев и его спутники привезли и собственную пушнину, которая была по распоряжению письменного головы Василия Пояркова конфискована в пользу казны. Это заставило Дежнева и его товарищей обратиться на имя царя Михаила Федоровича с челобитной. «В нынешном, государь, во 149‑м (1641) году, – писали челобитчики, – были мы, холопи твои, на твоей государевой службе на Янге реке для твоего, государева, ясачного збору. И как твой, государев, ясак с якутов собрали, после твоего, государева, ясаку купили мы, холопи твои, у твоих же, государевых, ясачных якутов соболишек на свой товар.