Протоколы Комиссии НКВД и Прокурора СССР включают в себя списки лиц, прошедших через Особое совещание, лиц, приговоренных к расстрелу или другим видам наказания, а также отражают передачу дел по подсудности на доследование. Для «национальных» операций заводились протоколы на основании данных одного «альбома» или сразу нескольких. В протоколах обязательно указывался номер оперативного приказа, в рамках которого осуждались арестованные. Нумерация протоколов велась в рамках операции по каждому оперативному приказу и в валовом порядке по мере поступления материалов из республик, краев и областей. В рамках «харбинской» операции двойка подписала 590 протоколов (с № 1 по № 590). В территориальное управление НКВД, по материалам которого был составлен протокол, направлялась копии, заверенные подписью сотрудника ГУГБ и печатью НКВД СССР. Все протоколы однотипны. В них указан номер протокола, дата, должности и фамилии лиц, присутствовавших на заседании (нарком внутренних дел СССР и прокурор СССР или их заместители), далее идут вводная часть («слушали: материалы на обвиняемых, представленные… (территориальный орган НКВД) в порядке приказа № 00593 от 20 сентября 1937 г.»), постановляющая часть (список репрессированных и утвержденные приговоры), в конце протокола – должности и фамилии присутствовавших на заседании, а также печать НКВД СССР и подпись сотрудника для особых поручений восьмого отдела ГУГБ НКВД СССР С.И. Кремнева. Постановляющая часть протокола разбита на две колонки. Содержание левой колонки менялось на протяжении всего периода проведения «национальных» операций. До середины октября 1937 г. в протоколах указывали только фамилию, имя и отчество осужденного, после этой даты к анкетным сведениям репрессированного добавили год и место рождения, с середины мая 1938 г. – подданство. Справа, напротив фамилии каждого обвиняемого, указывали репрессивное решение (прописными буквами), в том числе: расстрелять, заключить в исправтрудлагерь на… лет, дело доследовать, предать суду Военной Коллегии Верхсуда СССР, дело передать в суд и т. д. Содержание правой колонки тоже изменялось. До конца октября 1937 г. вместо «исправтрудлагерь» указывалось «заключить в концлагерь».
Следует обратить внимание, что были изучены как протоколы, направленные после их утверждения в регионы, т. е. копии, так и оригиналы, оставшиеся в центральном аппарате НКВД СССР. Разница между ними существует, и выражается она в