Данные протоколов допросов и обвинительных заключений коррелируются с закрытым письмом к «харбинскому» приказу, именно поэтому эти следственные материалы однотипны во всех регионах СССР. В делах на арестованных по «харбинской» операции имеется не более трех протоколов допроса, в том числе один из них составлялся непосредственно во время заполнения анкеты, так как в период массовых репрессий 1937–1938 гг. протоколировались только те допросы, на которых подследственные давали «признательные показания». В более 90 % случаев арестованный признавал себя «японским» шпионом, однако встречаются дела и «альбомные» справки (речь о них пойдет ниже) на лиц, не подписавших никаких обвинений против себя.
Следственные дела «харбинцев» различаются по объему – в зависимости от принципа их комплектования. Индивидуальные дела невелики, они содержат 10–15 страниц, тогда как коллективные могут содержать несколько томов. В 95 % случаев встречаются именно коллективные. В документах архивно-следственных дел имеется большое количество ошибок, в том числе описки, исправления, искажения имен, фамилий, географических названий и т. д. Разного рода неточности встречаются в ордерах на арест, протоколах допроса, обвинительных заключениях.
Судебно-следственные дела завершаются документами по реабилитации осужденных: заявления репрессированных или их родственников о пересмотре дела, протесты органов прокуратуры на решения внесудебных органов, протоколы допросов свидетелей, представителей административных органов и органов власти, а также сотрудников советских спецслужб, ведших соответствующее дело или причастных к нему. Особое внимание отводилось материалам по проверке социально-политического прошлого обвиняемых и протоколам допросов следователей республиканских, краевых областных органов НКВД, в которых они давали показания о методах проведения следственных мероприятий, предписаниях центра и указаниях территориальных НКВД по репрессиям в отношении тех или иных групп населения.
В делах 1937–1938 гг. присутствует выписка из протоколов внесудебных инстанций о выбранной мере наказания, на основании которой можно определить, по какой массовой операции Большого террора заводилось конкретное следственное дело. Так как в «японском шпионаже» обвиняли не только тех, кто арестовывался по приказу № 00593, но и тех, кто подвергался репрессиям из числа советской элиты, и даже тех, кто проходил по «кулацкой» операции, то данная выписка необходима для корректного причисления осужденного к той или иной карательной акции.
Еще одним важным источником учетной документации НКВД СССР для изучения «харбинской» операции являются «альбомы». После завершения следствия территориальные органы НКВД СССР на каждого арестованного составляли на отдельном листе формата А4 справки, в которых слева указывали фамилию, имя и отчество обвиняемого, краткие биографические