Als der 1. Frankfurter Auschwitz-Prozess bereits vier Monate andauerte, schrieb Bauer: »Die Prozesse sind als das Bekenntnis einer neuen Generation […] zu Wert und Würde eines jeden Menschen gedacht.«18 Dabei wusste er freilich allzu gut, dass die »bittere Medizin«19, die »bittere Arznei«20, die die Schwurgerichtsverfahren gegen NS-Verbrecher bedeuteten, von den Wohlstandsbundesbürgern nur widerstrebend eingenommen werden würde. »›Bewältigung unserer Vergangenheit‹ heißt Gerichtstag halten über uns selbst, Gerichtstag über die gefährlichen Faktoren in unserer Geschichte, nicht zuletzt alles, was hier inhuman war, woraus sich zugleich ein Bekenntnis zu wahrhaft menschlichen Werten in Vergangenheit und Gegenwart ergibt, wo immer sie gelehrt und verwirklicht wurden und werden. Ich sehe darin nicht […] eine Beschmutzung des eigenen Nestes; ich möchte annehmen, das Nest werde dadurch gesäubert.«21
Bauers in volkspädagogischer Absicht gehegten Erwartungen an die NSG-Verfahren waren groß. Die bewusstseinsbildende Funktion der Prozesse über alle strafrechtliche Zwecke hinaus betonte er fortwährend. So führte er Anfang 1964 in einem Vortrag auf Einladung der Deutsch-Israelischen Studiengruppe an der Johann Wolfgang Goethe-Universität in Frankfurt am Main aus: Die Prozesse müssten »die Frage nach dem Warum aufwerfen, denn ohne Antwort auf das Warum, nach den Wurzeln des Bösen, nach den Wurzeln des Kranken gibt es kein Heil und keine Heilung«.22 Bauer forderte deshalb von den Deutschen einen »harten Willen zur Wahrheit«23, eine schonungslose Selbsterforschung, eine Ätiologie des den Deutschen inhärenten Bösen.
Bauers instrumentalistische Sicht der NS-Prozesse wird erkennbar, wenn man seine Ausführungen zu einem humanen (kommenden) Strafrecht, zu einem Recht der Menschenbehandlung, im Vergleich zu seinen Ausführungen hinsichtlich der NSG-Verfahren betrachtet. In NS-Prozessen kam es ihm vorrangig darauf an, die Tat festzustellen, das Verbrechen aufzuklären, die menschenrechtsverletzende Handlung darzulegen, um aus der Erkenntnis des Fehlverhaltens der Akteure, auch aus dem Eingeständnis des begangenen Unrechts, Lehren ziehen zu können. Der Täter in NS-Prozessen war nach Bauer von nachgeordneter Bedeutung. In seinem Buch Die Kriegsverbrecher vor Gericht führte er bereits unmissverständlich aus: Die Angeklagten in den bevorstehenden Kriegsverbrecher-Tribunalen spielten »nur die Rolle eines Mittels zum Zweck«, der vor Gericht stehende Kriegsverbrecher diene »einem höheren Ziel«.24 Bauer ging es weniger um die Täter und deren nachfolgende Behandlung als »um das Verbrechen als solches und die Aufrechterhaltung der Normen, die die Gemeinschaft zum Schutz ihrer Existenz und Entwicklung aufgestellt hat. Die Wirklichkeit dieser Normen, das geltende Recht, muss unterstrichen werden.«25 Durchaus modern sprach sich Bauer für den Strafzweck der positiven Generalprävention aus.26
Obschon der Fokus auf Tatfeststellung und -aufklärung lag, begriff sich Bauer auch im Falle der NS-Verbrecher als moderner Kriminalpolitiker. Neben seinem vorrangigen Anliegen, den Deutschen durch NS-Prozesse »die historische Wahrheit kund«27 zu tun, erhoffte er sich bei den verurteilten NS-Verbrechern in sozialtherapeutischer Absicht eine Wandlung zum Besseren. Explizit hat sich Bauer zum Zweck der Strafe in NS-Prozessen nicht geäußert. Strafe als Sühne für Tatschuld lehnte er als schlechte Metaphysik ab. Das Schuldprinzip, das Willensfreiheit voraussetze, verwarf er vehement. Das Vergeltungsprinzip war ihm ein inhumanes Relikt autoritären, vordemokratischen Denkens.28 Wichtig in NS-Prozessen erschien Bauer nicht das Strafmaß, sondern die richterliche Qualifizierung der Angeklagten als verantwortliche Täter eines Unrechtsstaats, die für ihre Beteiligung an den Verbrechen aus erzieherischen Gründen einzustehen hatten. Die Pflicht zum Nein, zur Verweigerung der Mordbefehle, hatten sie nicht gefühlt.29 Ihr Gewissen, Bauer zufolge eine gleichsam naturgegebene Stimme30 in jedem Menschen, hatte sich nicht gerührt. Bauer war sich freilich bewusst, dass bei Zugrundelegung seiner Rechtsauffassung (täterschaftliche, konsensuale Mitwirkung an einer Tat im Sinne einer natürlichen Handlungseinheit) alle Angeklagten in den NS-Mordprozessen zu lebenslangem Zuchthaus zu verurteilen waren. Da sich in seinen Schriften Gegenteiliges nicht finden lässt, muss er wohl der Auffassung gewesen sein, es handele sich bei dieser prozessual notwendigen Rechtsfolge um ein gerechtes Urteil, ein vom NS-Verbrecher notwendig zu erleidendes Übel.
Als Verfechter eines humanen Rechts der sozialtherapeutischen Behandlung der Delinquenten war der Kriminalpolitiker Bauer naheliegenderweise der Ansicht, auch NS-Täter – meist erst 15 Jahre nach der Tat vom unauffälligen, sozial angepassten Bundesbürger zum Angeklagten in Mordprozessen geworden – müssten im Zuchthaus, in dem sie nach geltendem, antiquiertem Recht ihren Freiheitsentzug abzusitzen hatten, Gegenstand resozialisierender Maßnahmen sein. Nur diesen Zweck erachtete Bauer als eine Rechtfertigung der notwendig zu verhängenden Strafe, dieses fundamentale Prinzip humanen Strafens galt es auch bei Angeklagten in NSG-Verfahren zu beachten. Eine Verwahrung der NS-Täter zum Schutz der Gesellschaft machte er angesichts der mangelnden Gefährlichkeit der gealterten NS-Täter für die bundesdeutsche Demokratie nicht geltend.
Als Antwort auf seine Kritiker, die ihm widersprüchliche Auffassungen vorhielten, meinte Bauer: »Als Beispiel nicht resozialisierungsbedürftiger Täter werden häufig die nazistischen Gewaltverbrecher genannt. Die Argumentation ist jedoch schwer verständlich. Es gibt so gut wie keinen unter diesen Mördern, der sich zu dem Unrecht bekannt hätte, das er mit anderen zusammen beging. In den Prozessen, in denen es an belastenden Dokumenten und Zeugen nicht gefehlt hat und ein Geständnis ihre prozessuale Situation nicht erschwert, sondern eher erleichtert hätte, fehlte es häufig an jedem Respekt vor den überlebenden Opfern der Grausamkeiten. Viele der Täter sind weit davon entfernt, die Grundwerte unseres Staates, vor allem die Menschenwürde aller, die Gleichheit eines jeden ohne Rücksicht auf Geschlecht, Abstammung, Rasse, Sprache, Heimat und Herkunft, Glauben, religiöse oder politische Anschauungen in Wort und Tat zu bejahen. Ohne dies ist aber eine Anpassung an unsere Gesellschaft noch nicht erfolgt.«31
Auf den häufig gegen Bauer erhobenen Einwand, der Verfechter eines Behandlungs- und Maßnahmenrechts, der Befürworter eines auf Wiedereingliederung der Täter in die Gesellschaft abzielenden Strafvollzugs wende das überkommene Schuldstrafrecht mit seiner lebenslangen Zuchthausstrafe für Mord an, brachte er ein Argument vor, das zugleich Ausdruck seiner Ansicht von den Wurzeln nationalsozialistischen Handelns war: »Hinter der Auffassung, die nazistischen Angeklagten bedürften keiner ›sozialisierenden‹ Behandlung, verbirgt sich die beliebte Illusion, der Nazismus sei mit Hitler und seiner nächsten Umgebung identisch, er sei eine Art Betriebsunfall in der deutschen Geschichte, und seine Wurzeln lägen in den politischen, wirtschaftlichen und sozialen Notständen der Weimarer Zeit, etwa in Versailles, der Inflation und der Weltwirtschaftskrise.«32 Obgleich Bauer die genannten Faktoren als durchaus bedeutsam für die Entstehung des Nationalsozialismus erachtete, waren ihm die ideologischen und mentalen Ursachen des Nazismus im Denken und Fühlen der Deutschen prioritär. Gemünzt auf die Generation der Täter und Mittäter, auch der vorgeblich unschuldigen Mitläufer, führte Bauer aus: »Wer die Notwendigkeit bestreitet, die nazistischen Täter zu ›resozialisieren‹, bestreitet damit ein Bedürfnis, sich selbst zu ›resozialisieren‹, was jedenfalls bequem ist und Beifall findet. In Wahrheit tut ein allgemeines Neubesinnen auch heute noch und morgen not.«33
Für Bauer war es ein Gebot des sozialen Rechtsstaats, sich um die Resozialisierung der NS-Täter zu bemühen, sie zu Staatsbürgern