Пока Иван Васильевич совершал неблизкий путь из Петербурга в Тифлис, временное командование войсками Кавказского корпуса принял генерал-лейтенант Г.И. Глазенап. Он организовал торжественный прием нового командующего. При въезде в Тифлис того встретили лезгинские вожди, которые стояли на коленях и повешенными в знак покорности на шеях саблями.
Гудович воспринял действия Глазенапа как подрыв авторитета высшего командования. Он немедленно приказал прекратить наступательные действия, а затем добился отзыва инициативного генерала с Кавказа.
Новый главнокомандующий решил начать новую политику по отношению к Кавказу. Он потребовал от дагестанских правителей подтверждения присяги на верность России, обещая им большие блага. Наиболее благонадежные правители награждались воинскими чинами и соответствующим им денежным жалованьем. Так, карабахский Мехти-Кули-хан был произведен в генерал-майоры, шакинский Джапар-Кули-хан, ширванский Мустафа-хан, дербентский Меди-шамхал, талышский Мир-Мустафа-хан – в генерал-лейтенанты.
Гораздо труднее было достичь компромисса с чеченцами, не подчинявшимися единому правителю и постоянно тревоживших русские войска своими набегами. В конце ноября 1806 года Гудович приказал командующему войсками Кавказской линии генералу от инфантерии С.А. Булгакову совершить поход в Чечню для «наказания» непокорных горцев. Ему предписывалось щадить аулы, которые признали власть России и представили заложников, другие же «строго наказывать без всякой пощады». Для этого следовало, предварительно отрезать мятежные аулы от гор, «наказание простирать до того времени, пока они не дадут самых знатнейших аманатов и не дадут присяги на верноподданство его императорскому величеству».
Наступление на чеченцев началось 13 февраля 1807 года и велось одновременно по двум направлениям. Первый отряд численностью 4000 человек при 10 орудиях под командой Булгакова наступал со стороны Кизляра. Второй отряд генерал-лейтенанта Мусина-Пушкина, состоявший из 2600 солдат и казаков при 10 орудиях, от крепости Моздок двинулся вверх по реке Сунже. Третий отряд генерал-майора Ивелича, состоявший их 709 человек пехоты и казаков с 4 орудиями, выйдя из Владикавказа, 14 февраля соединился с отрядом Мусина-Пушкина. Соединенные отряды «после многих перестрелок и семи сражений в лесах и на полях, где карабулаки отчаянно защищались, за несколько дней наказали и совершенно покорили сии народы, положив на месте до 300 человек…»
После этого отряд Ивелича вернулся во Владикавказ, а Мусина-Пушкина в начале марта соединился с отрядом Булгакова. Переправившись через Аргун, русские войска подошли к деревне Шали, жители которой дали заложников и приняли присягу. Но жители окрестных горных аулов от присяги отказались. Для их усмирения был послан отряд из 750 солдат и 1500 казаков под командой генерал-майора Лихачева. Ему удалось вытеснить горцев из лесов и вынудить отступить в деревню