La Dirección del Instituto estaba a cargo de un Presidente (que sería el Presidente del Banco Central), un vicepresidente y siete directores: uno propuesto por el Ministerio de Agricultura, otro por la Secretaría de Industria y Comercio, otros dos por los Bancos de la Nación y de Crédito Industrial (que se turnarían en la función de Vicepresidente), y los restantes designados por el Banco Central, cuyas funciones durarían cuatro años.[60]
A partir de los cargos de mayor responsabilidad en su estructura administrativa (Gerente y Subgerente), se crearon distintas gerencias con funciones específicas (Estudios Económicos, Contralor, Contabilidad y Financiaciones, Administración, Minería, Productos Ganaderos, Productos Agrícolas, Importación), aunque con el paso del tiempo esta organización fue variando, produciéndose desdoblamientos, fusiones o creándose otras nuevas. El IAPI contaba además con delegaciones en el interior del país.[61]
Al modificarse la ley de Ministerios, tras la sanción de la Constitución de 1949, el organismo pasó a depender del Ministerio de Economía, junto con la Junta Nacional de Carnes, y la Comisión Nacional de Granos y Elevadores, siendo respectivamente su Presidente y su Vicepresidente el Ministro y el Subsecretario de Economía, mientras que dos de los directores representarían a los productores agropecuarios y uno al comercio.[62] La reforma de ese año no solamente significó un cambio administrativo, sino que fue un intento de limitar su autonomía financiera.
Una nueva reforma ministerial realizada en 1952, lo puso bajo la órbita del Ministerio de Comercio Exterior, momento en el que se produjo una reorganización funcional y administrativa, que tenía por objetivo fortalecer la eficiencia del organismo, afectado por la caída del precio internacional de los productos agrarios, que produjo una fuerte caída de la rentabilidad del IAPI.
Pero el Estado peronista manejó otras herramientas con el objetivo para dirigir la economía. Perón los llamó en alguna oportunidad “el sistema nervioso de la economía”, se refería a los servicios públicos que, nacionalizados a partir de 1947, servirían para poner al Estado nacional al servicio del modelo de desarrollo económico.
Este proceso hacía depender de las decisiones oficiales su eventual mejora y ampliación, pero además ejercía un poderoso efecto sobre las inversiones, porque era un instrumento más que permitía al Estado incidir en la distribución del ingreso (porque pagaba salarios y establecía tarifas) y en la generación de empleo, y por último, porque sus nuevas funciones permitían incrementar la influencia de las políticas públicas en la orientación regional de la producción. Todo ello le daba al Estado la posibilidad de corregir algunos desequilibrios.[63]
En general, las propias compañías estaban interesadas en desprenderse de sus activos, porque percibían que su ciclo estaba cumplido, y hacía largo tiempo habían dejado de invertir.
El primer caso había sido la nacionalización de la distribución de gas, ya que entre 1945 y 1948 se nacionalizó la distribución de gas en la Capital, y se adquirieron algunas empresas en la provincia de Buenos Aires, lo que permitió extender la red con nuevos centros de distribución, construir un gasoducto entre Comodoro Rivadavia y la Capital con capacidad para transportar un millón de metros cúbicos diarios, y rebajar las tarifas en un 30%.
Un convenio firmado en 1946 permitió adquirir The United River Plate Telephone Company Ltd. empresa telefónica subsidiaria de la ITT, que se transformó por diez años en proveedora de material y asistencia técnica, convenio que tuvo que ser revisado pocos años después.
La nacionalización de los ferrocarriles fue la más importante de todas estas adquisiciones por la magnitud de la operación, y el carácter simbólico de ruptura con el capital británico vinculado a la Argentina agroexportadora. Pero también se añadieron el servicio urbano de pasajeros, con la adquisición de la cuestionada Corporación de Transportes de la Ciudad de Buenos Aires, la ampliación y modernización de la Flota Fluvial del Estado, y las empresas de aeronavegación que dieron origen a Aerolíneas Argentinas en 1950 en reemplazo, con capitales estatales (ya que el capital privado nacional no suscribió las acciones que el Estado estaba dispuesto a vender) de las distintas empresas de aeronavegación mixtas preexistentes.[64]
De este proceso surgieron nuevas empresas estatales que impulsaron la inversión pública como la Empresa Nacional de Energía que construyó en pocos años treinta y siete plantas hidroeléctricas, mientras que la Dirección General de Combustibles Sólidos y Minerales empezó la prospección de la zona de Río Turbio, donde halló carbón suficiente como para sustituir importaciones del combustible desde Gran Bretaña. Para poder explotar el mineral, fue necesario construir un ferrocarril hasta el puerto de Río Gallegos, mientras que YPF renovó su flota de buques tanques y emprendió nuevas exploraciones en Mendoza, Neuquén, Comodoro Rivadavia y Tierra del Fuego, pero no emprendió la explotación de los nuevos hallazgos. Además hubo inversiones en comunicaciones y material ferroviario, y se dio impulso a la construcción de caminos, que en algunos sectores no alcanzaron a compensar la depreciación del capital ya instalado ni a satisfacer la creciente demanda de infraestructura.
Curiosamente, y pese a las consideraciones de Perón citadas más arriba, el Primer Plan Quinquenal (que había sido elaborado antes de que se produjeran las nacionalizaciones), no las tiene en cuenta, ni las prevé, lo que da cuenta del carácter improvisado y oportunista de esta proceso.
Como consecuencia de esta política, el gasto público total pasó del 36% en 1946 al 47% en 1950,[65] y la Constitución Nacional dictada en 1949 estableció el monopolio estatal de los servicios públicos.[66]
El Estado tuvo también participación en el proceso productivo a través de las empresas públicas como YPF (1927), la Fábrica Militar de Aviones (1927), Fabricaciones Militares (1941), La Dirección Nacional de Industrias del Estado (DINIE, 1947) y Astilleros y Fábricas Navales del Estado (1953).
Según Claudio Belini,[67] entre 1946 y 1953, la participación de las industrias estatales en el valor de la producción manufacturera ascendió del 3,6% al 9,5% y la ocupación obrera del 4,4% al 12,6% respectivamente. Aunque en 1953 la elaboración de derivados del petróleo seguía siendo el principal rubro (representaba el 70% de la producción de la rama), otras actividades cobraron importancia como la fabricación de vehículos y maquinarias donde el Estado aportaba un tercio del valor de producción y empleaba al 50% de los obreros.
A diferencia de lo ocurrido con el Primer Plan, el Segundo fijó los objetivos para estas empresas, así como las áreas que reservaba para la participación del capital privado. YPF,[68] la Empresa Nacional de Energía,[69] Agua y Energía Eléctrica,[70] la Flota Mercante y el sistema de transportes,[71] las distintas empresas que conformaban DINIE,[72] etc., recibieron