Nach seiner Rückkunft im December 1818, lebte er in Leipzig eine Zeit lang, ohne bestimmte Beschäftigung, blos von wohltäthigen Unterstützungen, mit welchem ihm unter andern Personen auch die Witwe des am Hospitalfieber verstorbenen Chirurgen Woost, die er als die Tochter seines zweiten Lehrherrn, Knobloch, schon von frühen Jahren her, gekannt hatte, entgegen kam, die auch den Miethzins für seine erste, durch sie besorgte Wohnung bezahlte. Nach dem Verlauf von sechs Wochen wartete er beinahe zwei Monate hindurch den Juden Samson Schwabe in Dessau, in seiner Krankheit; kam alsdann wieder nach Leipzig, und wohnte über fünf Vierteljahr, nämlich bis Johanni 1820, bei der Stiefmutter der Woostin, der Witwe Knoblochin, während welcher Zeit er bald auf hiesigen Wollboden arbeitete, bald durch Papparbeiten und Illuminiren, oder durch Bedienung hiesiger und fremder Herren sein Brod verdiente, sich aber auch, was schon früher sein Fehler gewesen, dem Trunke immer mehr ergab, und die Woostin, mit der er in vertrauteren Verhältnissen lebte, aus Eifersucht, zu welcher sie ihm durch ihren häufigen Umgang mit Soldaten Veranlassung gegeben, zu wiederholten Malen gemißhandelt, was durch mehrere Zeugenaussagen erwiesen ist. Diese seine Aufführung hatte dann die Folge, daß ihm seine Wohnung von der Knoblochin aufgesagt und er sich um eine andere bekümmern mußte. Von dieser Zeit an hatte er seinen Aufenthalt an sieben verschiedenen Orten, welcher öftere Wechsel theils durch seine Trunkenheit, theils durch sein unruhiges Benehmen, theils aber auch aus Unvermögen, seinen Miethzinß gehörig bezahlen zu können, veranlaßt wurde; ja er war sogar einmal in der Verlegenheit, ohne Obdach unter freien Himmel umherschweifen müssen. In allen diesen Verhältnissen dauerte aber sein Umgang mit der Woostin ununterbrochen fort, und es scheint, als ob er stets mehr ihrer Unterstützung, als sie der seinigen sich zu erfreuen gehabt habe, woraus sich denn seine besondere Anhänglichkeit an diese Person ganz natürlich erklären lasset. Auch konnte ihn die Erkaltung ihrer Neigung gegen ihn nicht gleichgültig seyn, denn er verlor ja in ihr nicht blos eine Befriedigerin seiner Gelüste, sondern, was eine weit größere Bedeutung hatte, eine Stütze in seiner fortwährend mißlichen Lage, und der Gedanke, die Unterstützungen, welche er bis dahin von ihr genossen, Andern zugewendet sehen zu sollen, mußte ihm, bei seinen so wüsten Gesinnungen, unerträglich werden; um so mehr, da er, seines Trunkes wegen bei keiner Beschäftigung lange anzudauern vermochte, in keinem Dienstverhältniß geduldet werden konnte, mithin unfähig war, sich jemals einen soliden und dauernden Broderwerb zu sichern. Ob es hingegen von der Woostin, die, in Unsittlichkeit schon längst untergegangen, sich nur noch in steter Abwechslung neuer Gegenstände ihrer wilden Begierden gefiel, zu erwarten war, einzig für einen Menschen, wie Woyzeck zu leben, das läßt sich leicht beurtheilen; nur Furcht vor seinen Mißhandlungen konnte sie von einem völligen Bruche mit ihm zurück halten, und das Verhältniß beider Personen zu einander mußte mit jedem Tage peinlicher werden. Mehr hingegeben an Andere, gestattete die Unglückliche dem immer mehr Verwildernden doch noch von Zeit zu Zeit einigen Zutritt, ohne zu ahnen, daß derselbe bereits mit dem furchtbaren Gedanken, sie des Lebens zu berauben, schwanger gehe. Das war aber bei ihm schon der feste Entschluß geworden, denn er hatte eigens dazu eine alte Degenklinge gekauft, solche in ein Gefäß stoßen lassen, und führte sie am 2. Juni 1821, wo er der Woostin aufzulauern beschlossen hatte verborgen bei sich.“ Die Geschichte eines gescheiterten Menschen. Schwer zu unterscheiden, was hier auf Kosten der Zeitverhältnisse und was auf Rechnung des Charakters geht. Schicksal und Tatbegehung stechen mit keinem Merkmal aus der Alltäglichkeit heraus. Diese Geschichte findet in Variationen bis heute statt, nicht immer mit tödlicher Konsequenz.
„Es ist übrigens bekannt, daß der Übelthäter gleich nach der That ergriffen und zum Gewahrsam gebracht wurde, daß er die begangene That sofort ohne Abweichung bekannte.“ Das gebrauchte Mordinstrument wollte er am Roßplatz von sich werfen, die dortigen Menschenmengen verhinderten dies, sodass man es ihm bei der Verhaftung abnehmen konnte. Die Tatsachen lagen klar, der Täter geständig, die Einleitung eines Criminalprocesses wurde auf keine Weise erschwert. Die Anklage lautete: Mord. Johann Christian Woyzeck hatte den Tod der Johannen Christianen Woostin geplant, allein schon, dass er an eine abgebrochene Degenklinge noch selbigen Nachmittags einen Griff hatte befestigen lassen, sprach für den Vorsatz. Es war ein kurzer Prozess zu erwarten.
Aber „schon im ersten Stadium der gerichtlichen Untersuchung hatte sich der Verteidiger, Herr Handelsgerichtsaktuarius Hänsel darauf berufen, Woyzeck sei nicht zurechnungsfähig, habe die Tat in einem Zustand der Geistesstörung begangen, dürfe daher nicht verurteilt oder gar hingerichtet werden. Am 23. August 1821, also zwei Monate nach der Mordtat, wurde eine gerichtsärztliche Untersuchung angeordnet und Hofrat Clarus vom Gericht als Gutachter bestellt. Nachdem er im August und September Woyzeck fünfmal untersucht und sich mit ihm unterhalten hatte, erstattete er am 16. September sein Gutachten. Clarus kam zu dem Ergebnis, aus Woyzecks Angaben über sein bisheriges Leben ergebe sich kein Anhaltspunkt für das Vorliegen einer Geistesstörung. Die ärztliche Untersuchung gebe ebensowenig ein Merkmal, welches auf ein Dasein eines kranken, die ‚freie Selbstbestimmung und die Zurechnungsfähigkeit aufhebenden Seelenzustandes zu schließen berechtige‘. Das Gericht stellte demgemäß in einer ersten Entscheidung vom 11. Oktober 1821 die volle Verantwortlichkeit des Mörders fest. Die Verteidigung plädierte am 3. Dezember 1821 von neuem zugunsten des Angeklagten. Das Urteil vom 28. Februar 1822 aber verurteilte Woyzeck zum Tode durch das Schwert. Zwei Gnadengesuche des Verteidigers wurden am 26. August und 19. September abgelehnt. Inzwischen jedoch hatte Woyzeck beim Besuch eines Geistlichen erklärt, er habe schon viele Jahre vor der Mordtat ‚fremde Stimmen‘ um sich gehört, die ihm zugerufen hätten: ‚Stich die Woostin tot!‘ und ein andermal „Immer drauf, immer drauf!‘ Er habe darauf gesagt: ‚Das tust du nicht‘, aber die Stimme habe erwidert: ‚Du tust es doch!‘ Auch Geistererscheinungen habe er erblickt. Nun beantragte der Verteidiger am 27. September 1822 eine neue, gründlichere gerichtsärztliche Untersuchung Woyzecks. Er verlangte an Stelle von Hofrat Dr. Clarus solle der Leipziger Universitätsprofessor Heinroth als Gutachter bestellt werden. Die sächsische Landesregierung entschied am 28. Oktober, eine neue Begutachtung sei nicht notwendig. Der 13. November wurde als Hinrichtungstermin angesetzt.“ Die Ankündigung wurde von den städtischen Kanzeln verlesen. Leipzig bereitete sich auf das Spektakel vor. „Am 5. November trat aber … ‚ein Privatmann‘ (der Leipziger Privatgelehrte Dr. Johann Adam Bergk) ‚mit der schriftlichen Anzeige auf, daß ihm von namhaft gemachten Augenzeugen versichert worden sei, der Delinquent habe wirklich von Zeit zu Zeit Handlungen vorgenommen, welche Verstandesverwirrung zu verraten schienen‘. Der Verteidiger schaltete sich sofort ein und erreichte, daß am 10. November in aller Frühe die Urteilsvollstreckung ausgesetzt wurde. Das Gericht beauftragte Dr. Clarus erneut, eine eingehende Untersuchung vorzunehmen und ‚alle auf die Beurteilung des Falles Bezug habenden Lebens-, Gesundheits- und Geistesumstände des Inquisiten‘ zu erkunden. Noch vor Abschluß der erneuten Untersuchung hatte der Verteidiger eine neue umfangreiche Verteidigungsschrift eingereicht und das Gericht gebeten, einen anderen Gutachter zu bestellen. Am 4. Oktober 1823 wies das Gericht diese erneuten Einwendungen zurück. Dem Verteidiger blieb nun nichts anderes übrig, als ein Gnadengesuch einzureichen. Die Landesregierung entschied am 23. Januar des folgenden Jahres, das Gnadengesuch