Почему же ты стрелял в меня?
Ты обманул народ, обещал ему землю, да не дал.
Толпа негодовала и жаждала немедленной расправы над злоумышленником. Преступник еще продолжал кричать: «Ребята, я за вас стрелял», – когда его увозили в III отделение полиции на Фонтанке. А Александр II, в связи с этим событием изменил свой привычный маршрут и отправился в честь чудесного своего спасения на благодарственный молебен в Казанский собор. Вернувшись в Зимний дворец, он начал успокаивать царственную семью, которая уже была в курсе произошедшего и немало встревожилась.
На следующий день начальник III отделения собственной Его Императорского Величества канцелярии и шеф Отдельного корпуса жандармов князь Василий Долгорукий прибыл в Зимний дворец с докладом о том, что создана Особая следственная комиссия во главе с графом Михаилом Муравьевым-Виленским. Так же князь заверил Александра II что: «Все средства будут употреблены, дабы раскрыть истину». И действительно расстарались на всю силу. Вот что докладывал на Высочайшее Имя князь Долгорукий в следующие дни: «Арестованного допрашивали целый день, не давая ему отдыха употреблены все меры, но преступник до сих пор не объявляет своего имени и просит меня дать ему отдых, чтобы на следующий день написать свои объяснения. Хотя он действительно изможден, но надобно еще его истомить, дабы посмотреть, не решится ли он еще сегодня на откровенность». Так же Муравьев писал царю в докладной записке: «Запирательство преступника вынуждает комиссию к самым деятельным и энергичным мерам для доведения преступника до сознания». После его доклада Александру II к Государю явился с поздравлениями Сенат в полном составе, с министром юстиции во главе. «Благодарю вас, господа, – сказал Император, – благодарю за верноподданнические чувства. Они радуют меня! Я всегда был в них уверен. Жалею только об одном, что нам довелось выражать их по такому грустному событию. Личность преступника еще не разъяснена, но очевидно, что он тот, за кого себя выдает. Всего прискорбнее, что он русский».
По отношению к задержанному и содержащегося в Петропавловской крепости применялись пытки бессонницей и голодом, а также жесточайшие избиения. Его держали на хлебе и воде, допрашивали по двенадцать, пятнадцать часов в день. Ночью будили по три раза в час, заговаривая с ним на польском языке. Стража у его камеры менялась каждые два часа, к нему также приходил агент III отделения полиции священник протоирей Полисадов, который беседовал с ним по полтора – два часа, а затем писал все, о чем удалось ему узнать.
Из показаний Д.В. Каракозов показал Особой следственной комиссии шестнадцатого апреля:
Когда и при каких обстоятельствах родилась у вас мысль покушиться на жизнь Государя Императора? Кто руководил вас совершить это преступление и какое для сего принимались средства?
Эта мысль родилась во мне в то время, когда я узнал о существовании партии, желающей произвести переворот в пользу