Дело началось с того, что стало известно о переписке Миллера с французским географом и картографом, профессором Коллеж де Франс Жозефом Никола Делилем, работавшим до 1747 года в Академии наук[77], в которой будто бы первый договаривался о том, чтобы опубликовать за рубежом критическое описание работ Академии наук. В этом усмотрели подрыв чести Академии наук, графа Разумовского и императрицы. О переписке Миллера с Делилем было сообщено Разумовскому, и расследованию был дан ход.
По предписанию президента Академии наук графа К.Г. Разумовского 19 октября 1748 года было созвано собрание Академической канцелярии, на котором присутствовали И.Д. Шумахер, Г. Теплов, Й. Штелин, К.Н. фон Винсгейм, Ф.Х. Штрубе де Пирмон, В. Тредиаковский и М.В. Ломоносов. Собравшиеся обвинили Миллера в сговоре с Делилем и подготовке публикации порочащих сведений об Академии наук.
Перед этим в канцелярии Миллер давал объяснения по поводу своей переписки с профессором Делилем. Он предъявил несколько писем Делиля и отвечал, что никакого умысла и сговора у него с ним не было. Объяснения Миллера не удовлетворили почтенное собрание, которое определило оставить его «в подозрении». Все присутствовавшие поставили свои подписи. Следом было принято любопытнейшее решение о производстве обыска на квартире Миллера: «Хотя при вышепомянутом собрании вопросные пункты профессор Миллер ответом своим и очищал, однако остался против письма Делилева подозрительным же. Того ради присутствие по тому делу приказали: те письма, о которых он в ответе показал, что имеются у него, без остатку взять в Канцелярию, да и кроме тех все в доме его какие бы ни были письма на русском и иностранных языках, и рукописные книги, тетради и свертки, осмотря во всех его каморах, сундуках, ящиках и кабинетах, по тому ж взять в Канцелярию, которые запечатать канцелярскою печатью. Сего ради в дом сего ж числа ехать гг. профессорам Тредиаковскому и Ломоносову и при них секретарю Ханину и по отобрании того репортовать в Канцелярию»[78]. Под этим определением семь подписей, в том числе и Ломоносова.
Ломоносов и Тредиаковский поехали на квартиру Миллера и произвели там обыск. Как они пишут в своем рапорте в канцелярию, изъяли у Миллера все рукописи и письма, набрали два больших сундука и один кулек. Все это было опечатано печатью канцелярии Академии