Собственно, новые временщики были не хуже прежних боярских правительств. Но Глинские шли к власти напролом и восстановили против себя всю знать. Из-за этого положение их было очень шатким.
В жаркие летние месяцы 1547 года в Москве произошли крупные пожары, ускорившие развязку. От огня пострадало множество дворов и церквей. Выгорел Кремль, пострадали городские укрепления. В огне погибли 1700 человек. Митрополит чудом спасся из горящего Кремля, но получил сильные ушибы, когда его на веревках спускали с крепостной стены. Иван поспешил навестить Макария. Его сопровождали бояре Иван Петрович Федоров, вернувшийся из ссылки, и князь Федор Скопин-Шуйский. В присутствии митрополита Федоров сообщил государю о смутной молве. В столице толковали, что «яко волхованием… вся Москва погоре». В колдовстве народ винил Глинских. Но об этом боярин умолчал.
Четыре дня бояре вели розыск виновников «поджога» Москвы. Волнения в столице усиливались изо дня в день, и власти выслали из Кремля для объяснения с народом бояр Федорова, Скопина и Юрия Темкина, а также Григория Романова. Они «начата въпрашати: кто зажигал Москву?». Вопрос был рискованным, но бояре вовсе не собирались щадить своих недругов. Они знали, о чем толковала толпа, и, надо полагать, сами способствовали распространению зловещих слухов.
Вопрос о виновниках неслыханного бедствия пал на подготовленную почву. В толпе выкрикнули имя Анны Глинской и ее детей. События приобрели неожиданный оборот. Боярин Юрий Глинский, узнав о наветах толпы, поспешил укрыться в Успенском соборе, где шло богослужение. По некоторым сведениям, мятежники захватили дядю царя на глазах у Ивана IV. Затем полумертвого боярина вытащили на площадь и добили каменьями.
Иван IV подробно описал мятеж в приписках на полях официальной летописи. По его словам, чернь напустилась на царскую родню «того ради, что в те поры Глинские у государя в приближение и в жалование». Если верить Грозному, бояре сами спровоцировали мятеж против правителя Михаила Глинского и его братьев.
В столице произошли уличные беспорядки. Чернь разграбила дворы Глинских, перебила их вооруженных слуг «бесчисленно», а заодно уездных детей боярских из Северской Украины, ошибочно приняв их за людей правителя. Царю пришлось «утещи» со всем двором в подмосковное село Воробьеве. Но село оказалось для царской семьи ненадежным убежищем. На третий день мятежа московский палач созвал на площадь огромную толпу. Погорельцы громко кричали, что Москву «попали колдовством», что виною всему бабка царя «Волхова» Анна: она вынимала из людей сердца, мочила их в воде и той водой,