Таким образом, еще в середине XV в. предки Шуйских сохраняли положение самостоятельных правителей. Затем большинство их попало в полную зависимость от Москвы, став «служилыми князьями», но все еще «ставились» московскими великими князьями на управление старинными родовыми землями – Суздалем, Нижним Новгородом, Городцом. Там у них сохранились огромные вотчины.
Впрочем, некоторые представители рода сохранили значительную самостоятельность от великих князей Московских. В 50–70-х гг. XV столетия князь Василий Васильевич Гребенка-Шуйский помимо воли московских государей и по приглашению вечевых республик княжил во Пскове и Новгороде Великом. Он даже участвовали в войнах новгородцев против Москвы. Но в целом семейство к концу XV в. перешло на службу к московским государям.
Обыкновенно родовое прозвище «Шуйские» историки связывают с городом Шуей, «тянувшей» в старину к Суздалю. Не известно, была ли Шуя когда-либо центром, где имелось собственное княжение – удельный «особый стол» в рамках княжения суздальского, но исключать этого нельзя. Не известно, когда за данным населенным пунктом утвердилось название «Шуя»: к настоящему времени самый ранний источник, где оно найдено, относится к рубежу XV–XVI столетия. Но, по всей видимости, оно закрепилось за городом гораздо раньше, и древняя связь князей Шуйских с этими местами не вызывает сомнений. Под Шуей у них были обширные вотчины, а в самом городе до середины XVII в. они владели дворами[6]. В Николо-Шартомской обители (полтора десятка километров от Шуи) существовала родовая усыпальница князей Горбатых-Шуйских. Монастырь этот уже в первой половине XV в. был весьма значительным, настоятель его носил сан архимандрита. В 1553 г. тамошние иноки сообщали в Москву, что владеют деревнями при селе Горицком по завещанию князей Дмитрия и Василия Ивановичей Горбатых-Шуйских: «…да легли… князь Дмитрей и князь Василей у Николы Чудотворца на Шартоме в их монастыре, и из старины… все их прародители у Николы Чудотворца в их монастыре кладутся»[7]. Те же Горбатые-Шуйские еще в 1535 г. владели селом Дуниловом недалеко от Шуи[8]. А «прародитель» ветви Горбатых в семействе Шуйских, князь Иван Васильевич, еще в 1449 г.