Как отметил Сергей Соловьёв, многие сподвижники царя стали отождествлять себя с государством и смотреть на казённые деньги как на собственные, полагая, что право на это и дают их великие заслуги. А свои заслуги перед державой имел и Матвей Петрович. Всем было известно, что он стяжал себе славу любимца Петра I. Голштинец граф Хеннинг Фридрих фон Бассевич, оставивший известные “Записки о России при Петре Великом”, заявил о Гагарине, что “царь уважал его за многие прекрасные качества”. И в самом деле, князь рано поступил на государеву службу и нёс её успешно, с радением. Он обратил на себя внимание Петра уже в 1701 году, когда руководил строительством шлюзов и каналов, соединением Волги и Дона. Задалась у Гагарина и служба в качестве московского коменданта с мая 1707 года. Но главным образом карьера Матвея Петровича была связана с Сибирью: он служил там и товарищем при брате, иркутском воеводе Иване Гагарине, затем стал нерчинским воеводой, побывал судьёй, а с 1706 года – главой Сибирского приказа. Оказавшись во главе Сибирской губернии с марта 1711 года, Гагарин вполне успешно справлялся с главными своими обязанностями: при нём возросли сборы налогов, рекруты из Сибири пополняли действующую армию, было закончено строительство Тобольского Кремля, в Китай отправлялись торговые караваны, развивались дипломатические отношения с восточными соседями России. А один современный панегирист князя восторгался тем, что тот в продолжение трёхлетнего срока раздал пленным, сосланным в Сибирь, 15 тысяч рублей.
Однако постепенно образ рачительного губернатора, радетеля интересов Отечества начал блекнуть. Огромная власть и почти полная бесконтрольность открывали большие возможности для злоупотреблений и коррупции, чем и занялись с присущим ему рвением и сам Гагарин, и его родственники, которых он постарался определить на самые выгодные должности. Особенно много возможностей предоставляли торговые дела с Китаем, Средней Азией и казахскими народами. Князь развернулся вовсю и, используя заниженные сведения о доходах, составил себе крупное состояние.
Уличать его в казнокрадстве начали уже в 1714 году. Заподозрив неладное, царь поручил архангельскому губернатору, полковнику Григорию Волконскому отправиться в Сибирь и провести на месте тщательное расследование действий Гагарина. Но Екатерина Алексеевна, которой сей сибирский начальник часто посылал знатные подарки, попросила закрыть на все глаза и дать о нем самый благоприятный отзыв.