В обратный путь экспедиция Ханыкова направилась через Северный Сеистан, Южный Хорасан и Керман и в конце 1859 года благополучно возвратилась в Россию, проведя в путешествии почти полтора года.
Хотя больших политических успехов миссия Ханыкова не добилась – стремление России создать в Центральной Азии заслон своему сопернику потерпело неудачу – научные достижения экспедиции оказались весьма велики. Была исследована территория, превышавшая по площади почти 400 тысяч кв. километров, достигнуты важные результаты в изучении климата, растительного и животного мира этой территории и собраны богатейшие этнографические и археологические коллекции. Привезённые материалы позволили российскому правительству ознакомиться с политической обстановкой, сложившейся в Восточном Иране, Герате и Афганистане, и дали возможность выработать политическую линию по отношению к этим государствам.
Ханыков, вскоре после окончания экспедиции, переехал во Францию, где и прожил всю жизнь вплоть до своей кончины в 1878 году.
В феврале 1858 года, в укрепление Верное прибыл поручик российской армии Чокан Чингисович Валиханов. Ему поручалось важнейшая миссия – отправиться в китайскую Кашгарию, чтобы выяснить перспективы восстановления политико-экономических связей.
Сделаем паузу, чтобы поближе познакомиться с человеком, жизнь которого востоковед Н. И. Веселовский сравнил с «промелькнувшим метеором». Настолько она была яркой и до обидного короткой.
Будущий выдающийся учёный, историк, этнограф, фольклорист, просветитель, путешественник и разведчик Чокан Валиханов, родился в ноябре 1835 года в орде-зимовке Кунтимес у крепости Кушмурун Омской области. Правнук, принявшего русское подданство еще в 1740 году, Аблай хана – прямого потомка Чингисхана -при рождении получил имя Мухаммед-Канафия. Прозвище Чокан (Шокан), которым в детстве звала его мать, стало впоследствии его официальным именем. Отец Чокана, наместник Кушмурунского округа, султан Чингис Валиханов, определил 12-летнего сына на учебу в Сибирский кадетский корпус. Российское правительство