5 июня командование фактически утратило свои функции. Начались аресты офицеров. 6 июня делегатское собрание армии, флота и рабочих вынесло резолюцию об отстранении от должности Колчака и Смирнова. Последняя попытка вицеадмирала Колчака, обвиненного в «возбуждении матросских масс» своими действиями, повлиять на команды провалилась: на делегатском собрании 7 июня ему просто не дали слова. Началось разоружение офицеров. Некоторые из них, не желая разоружаться, застрелились. Далее, повествует Смирнов, вице-адмирал призвал офицеров не сопротивляться. «Затем адмирал приказал поставить команду «Георгия Победоносца» во фронт и сказал ей вдохновенную, патриотическую речь, в которой указал гибельные для родины последствия поступков команд, разъяснил оскорбительность для офицеров отобрания от них оружия, сказал, что даже японцы не отобрали от него георгиевское оружие после сдачи Порт-Артура, а они, русские люди, с которыми он делил тягости и опасности войны, наносят ему такое оскорбление. Но он своего оружия им не отдаст»33. После этого адмирал выбросил свою Георгиевскую саблю в море. Однако ни речь Колчака, ни его поступок впечатления на матросов не произвели.
Тем временем правительство отбило Колчаку телеграмму, в которой ему предписывалось сдать командование контрадмиралу В. К. Лукину и выехать в Петроград.
Колчак сдал дела Лукину, а его начальник штаба М. И. Смирнов – капитану I ранга А. С. Зарину. Ночью 9 июня они покинули Севастополь.
Отставка Колчака совпала с визитом в Севастополь американской военно-морской миссии во главе с контр-адмиралом Дж. Г. Гленноном. Его речь на делегатском собрании, в которой американец призвал к продолжению совместной борьбы с Германией, встретила полное одобрение, после чего делегаты постановили: вернуть часть оружия офицерам, прекратить обыски и аресты и выполнять все распоряжения нового командующего Лукина. Это, однако, никак не означало приостановки дальнейшего разложения флота, уже утерявшего свою боеспособность.
Временное правительство, пытаясь хоть как-то повлиять на события в Севастополе, выслало телеграмму с требованиями прекратить «анархию» и вернуть оружие офицерам. Судовые комитеты и команды, обсудив телеграмму, выразили лояльность Временному правительству, освободили арестованных офицеров, но сочли нужным выдавать оружие офицерам только одновременно с солдатами. На флот отправилась официальная комиссия под председательством товарища министра юстиции А. С. Зарудного и эсера И. И. Бунакова (Фондаминского), будущего комиссара флота. Комиссия сочла возможным возвращение