На этом основании Э. Крепелин счел, что ключ к разгадке природы психических заболеваний и к разработке их научно обоснованной классификации лежит не в области посмертных нейроанатомических и нейрогистологических исследований, по крайней мере в существовавших тогда достаточно грубых методах посмертного изучения головного мозга.
Как мы сегодня знаем, из-за глубочайшего разочарования в возможности найти материальный субстрат психических заболеваний, первоначально вызвавшей огромный научный энтузиазм, в конце XIX – начале XX века часть психиатров либо ушла из психиатрии в неврологию или в соматическую медицину, которая выглядела по сравнению с психиатрией «более научно», либо вернулась к тем ненаучным, религиозно-мистическим объяснениям природы психических заболеваний, которые решительно отвергли В. Гризингер и его ученики еще в середине XIX века. Обе эти тенденции сильно беспокоили Э. Крепелина.
В Дерптской лекции Э. Крепелин решительно настаивал, что радикальное сведение психиатрии до уровня лишь особой ветви или подраздела неврологии или нейрофизиологии оказалось научно плодотворным на ранних этапах развития психиатрии, но стало явно неадекватным в его время. Именно радикально-материалистическая позиция В. Гризингера и его учеников в свое время объективно позволила психиатрии сблизиться с соматической медициной, стать настоящей наукой, освободиться от налета мистики и религии, а также найти материальные, органические причины таких психических заболеваний, как прогрессивный паралич, деменция или эпилепсия. Но, как указал далее Э. Крепелин, такое низведение психиатрии в действительности никогда не сможет принести полного понимания природы психических заболеваний. С точки зрения Э. Крепелина, головной мозг настолько сложен, что никакое, даже самое глубокое, изучение механизмов его работы и деталей его строения, ни современными ему и достаточно грубыми, ни даже будущими, более тонкими методами никогда не сможет полностью объяснить все психические и умственные процессы. Приблизительно так же, как химия базируется на физике, но не сводима к ней, психиатрия, безусловно, базируется на нейрофизиологии и нейроанатомии, но не сводима к ней. Поэтому, как заявил Э. Крепелин, психиатрия не может быть исключительно естественной наукой, а является наукой клинической. Соответственно, психиатрические исследования не могут и не должны быть направлены только и исключительно на упорный поиск соматических («органических») причин психических заболеваний, но должны быть направлены и на изучение головного мозга как «черного ящика», на изучение явлений ментальной и психической жизни с использованием методов и инструментов клинических наук (наблюдение в динамике, клиническая беседа, сбор личного и семейного анамнеза и др.), а также с использованием методов и инструментов