Время, которое Э. Крепелин провел в лаборатории В. Вундта за изучением только-только зарождавшихся экспериментальной психологии и факультетской психологии, принесло ему бесценный интеллектуальный опыт. Уже вскоре после начала работы в лаборатории Э. Крепелин стал использовать при изучении природы психических заболеваний ключевые понятия экспериментальной психологии и факультетской психологии, введенные В. Вундтом на основе данных, полученных в ходе психологического эксперимента, например, такие, как «апперцепция» или «психофизический параллелизм», а также их методологию (например, практику проведения психологического эксперимента для изучения времени реакции на тот или иной раздражитель или для изучения когнитивных способностей, особенностей эмоционального реагирования и др.).
В своей инаугурационной лекции в Дерптском университете Э. Крепелин впервые публично заявил о своем категорическом несогласии с доминировавшим в то время в немецкой и мировой психиатрии мнением о том, что для понимания и описания всех психических заболеваний и психических процессов необходимо и достаточно глубокое изучение анатомии и физиологии головного мозга, механизмов его функционирования и что до выявления этих механизмов любые попытки классификации психических заболеваний, любое изучение и описание их течения, клинической симптоматики и феноменологии или изучение головного мозга и порождаемых им психических и психологических явлений как «черного ящика», не имеют смысла, ненаучны или абсурдны.
При этом Э. Крепелин, вовсе не отрицая, что материальным субстратом всех психических заболеваний и всех наблюдаемых психических и психологических явлений служит головной мозг и протекающие в нем реакции, указывал на то, что большинство механизмов работы головного мозга пока неизвестно (многие из них неизвестны или не до конца понятны даже сегодня). Более того, он указал, что детальное изучение механизмов работы головного мозга с использованием тех грубых инструментов изучения головного мозга, которыми психиатрия обладала в его дни, невозможно или недостижимо. Указывая на это, Э. Крепелин заявил, что, пока у психиатрии нет возможности детально изучить механизмы работы головного мозга