В результате происходило большое количество аварий и катастроф с гибелью летчиков, а на аэродромах не успевали ремонтировать авиатехнику, часть из которой приходила в полную негодность и подлежала списанию.
Абакумов попросил у Сталина санкцию на арест главкома ВВС А.А.Новикова, наркома авиационной промышленности А.И. Шахурина, главного инженера ВВС А.К.Репина, члена военного совета ВВС Н.С. Шиманова, начальника главного управления заказов ВВС Н.П.Селезнева и начальников отделов управления кадров ЦК ВКП (б) А.В. Будникова и Г.М. Григоряна, курировавших авиапром.
Мотивировалось это тем, что на протяжении войны руководители авиапрома выпускали бракованную и конструктивно недоработанную продукцию и по сговору с командованием ВВС при молчаливом согласии курировавших поставки техники в ВВС работников ЦК партии протаскивали на вооружение Красной Армии бракованные самолеты. В результате в период с ноября 1942 года по февраль 1946 года в частях и учебных заведениях ВВС из-за недоброкачественной материальной части произошло свыше 45 тыс. невыходов самолетов на боевые задания, 756 аварий и 305 катастроф.
Однако Сталин не торопился выводить в расход руководство авиапрома и главкома ВВС. Ведь войну советская авиация все-таки выиграла, используя преимущественно те самолеты, которые поставлял наркомат авиационной промышленности. С другой стороны, начиналась «холодная война», в которой главным потенциальным противником становились США. А американская авиация обладала весьма значительным качественным, равно как и количественным превосходством над советской авиацией. В этих условиях особенно важным становилось повышение качества советской авиатехники. Сталин потребовал от Абакумова перепроверить собранные данные и выяснить масштабы злоупотреблений в авиапроме.
16 марта 1946 года была создана Государственная комиссия по ВВС во главе с заместителем министра Вооруженных Сил и членом Политбюро Н. А. Булганиным. В состав комиссии вошли секретарь ЦК ВКП(б) Г. М. Маленков, начальник Генштаба маршал А. В. Василевский, Главком Сухопутных войск маршал Г. К. Жуков, а также три маршала авиации – С. И. Руденко, К. А. Вершинин и А. Е. Голованов.
Комиссия первоначально проверяла показания, данные бывшим командующим 12-й Воздушной армией маршалом авиации С. А. Худяковым (настоящее имя – Арменак Ханферянц), арестованным еще в декабре 1945 года. Его обвиняли в шпионской связи с англичанами, в службе в дашнакском отряде в 1918 году и участии в расстреле 26 бакинских комиссаров, в проживании по фальшивым документам и в злоупотреблении служебным положением, выразившимся в незаконном присвоении трофейных ценностей в Германии и Маньчжурии… Примечательно, что