Через два дня, 28 сентября, в Ленинграде, в штабе округа получили новую шифротелеграмму Ворошилова: «… План операции в основном утверждается. Начало действий по особому моему указанию. Продолжать срочным порядком сосредоточение войск, подвоз горючего, боеприпасов и организацию связи и управления войсками. При постановке задач частям избегать разрушения железнодорожных мостов, стремиться захватить их целыми…»[2] Но в данном случае полномасштабные военные операции не потребовались.
С начала Второй мировой войны правительства Эстонии, Латвии и Литвы стремились к сохранению статуса нейтральных государств. Однако, когда Советский Союз вышел с предложением заключить двухсторонние договоры о взаимопомощи, после больших колебаний оно было принято, так как альтернативой этому была только война с Советским Союзом. Началом практической реализации заключенных договоренностей между СССР и государствами Прибалтики стало 19 октября 1939 г. Утром того дня первыми на территорию Эстонии вошли соединения и части Ленинградского военного округа (65-й стрелковый корпус, 16-я стрелковая дивизия, 18-я танковая бригада). 29 октября соединения Красной Армии перешли советско-латвийскую границу. В Латвию были передислоцированы 2-й особый стрелковый корпус, 76-я стрелковая дивизия и 6-я танковая бригада. Практически одновременно из Белорусского военного округа в Литву были переброшены 16-й стрелковый корпус и 2-я легкая танковая бригада.
В результате таких действий в Прибалтике, на территории пока еще независимых Эстонии, Латвии и Литвы, одновременно находились войска Красной Армии и собственные вооруженные силы этих стран. Но такое положение сохранялось недолго. 14 июня 1940 г. правительство СССР под предлогом того, что якобы имели место нарушения литовской стороной заключенных договоренностей и даже случаи похищения советских военнослужащих и истязания их с целью выведать военные секреты, предъявило правительству Литвы ультимативные требования: «…Чтобы немедленно было сформировано в Литве такое правительство, которое было бы способно и готово обеспечить честное проведение в жизнь советско-литовского Договора о взаимопомощи и решительное обуздание врагов Договора.
Чтобы немедленно был обеспечен свободный пропуск на территорию Литвы советских воинских частей для размещения их в важнейших центрах Литвы в количестве, достаточном для того, чтобы обеспечить возможность осуществления советско-литовского Договора о взаимопомощи и предотвратить провокационные действия, направленные против советского гарнизона в Литве»[3].
15 июня литовское правительство сообщило о своем согласии с советскими условиями. В тот же день новый контингент Красной Армии вступил на территорию Литвы. На следующий день советское правительство вручило ноты посланникам Латвии и Эстонии с требованием обеспечить ввод на территории этих стран новых группировок Красной Армии. Политические цели дополнительного ввода советских войск на территорию прибалтийских государств были изложены в директиве начальника Политуправления Красной Армии, в которой, в частности, говорилось: «…Наша задача ясна. Мы хотим обеспечить безопасность СССР, закрыть с моря на крепкий замок подступы к Ленинграду, нашим северо-западным и западным границам. Через головы правящей в Эстонии, Латвии и Литве антинародной клики мы выполнили наши исторические задачи и заодно поможем трудовому народу этих стран освободиться от эксплуататорской шайки капиталистов и помещиков…»[4]
После ввода в страны Прибалтики значительных контингентов советских войск обстановка здесь коренным образом изменилась. 14 и 15 июля прошли выборы в народные сеймы Латвии, Литвы и Эстонии, а 21 июля народные представители провозгласили установление в своих республиках советской власти и приняли декларации с просьбой о принятии их в состав СССР. Чрезвычайная VII сессия Верховного Совета Союза ССР удовлетворила эту просьбу. Образовались Латвийская, Эстонская и Литовская ССР.
В целях прикрытия сухопутных и морских границ Советского Союза и обеспечения безопасности новых советских республик 11 июля 1940 г. был создан Прибалтийский военный округ. В его состав включались войсковые части и учреждения, дислоцировавшиеся на территории Латвийской и Литовской республик. Войска на территории Эстонии первоначально вошли в состав Ленинградского военного округа. Приказом народного комиссара обороны Союза СССР № 0190 от 17 августа 1940 г. округ был переименован в Прибалтийский Особый военный