Не удивительно, что одним из результатов процесса ЮКОСа стало появление термина «басманное правосудие».
Но суд над Михаилом Ходорковским на этом не закончился. До декабря 2006 года Ходорковский отбывал наказание в исправительной колонии № 10 общего режима города Краснокаменск Читинской области, а затем вместе с Платоном Лебедевым был переведен в читинский СИЗО, где им были предъявлены новые обвинения.
Ходорковскому и Лебедеву инкриминировалось совершение преступлений, ответственность за которые предусмотрена пунктами «а», «б» ч. 3 ст. 160, ч. 3 ст. 174, ч. 4 ст. 160 и ч. 4 ст. 174—1 УК РФ (хищение чужого имущества, вверенного виновному, с использованием своего служебного положения организованной группой в крупном и особо крупном размерах, совершение с использованием своего служебного положения организованной группой в крупном размере финансовых операций и других сделок с денежными средствами и иным имуществом, приобретенными заведомо незаконным путем, а также использование их для осуществления предпринимательской и иной экономической деятельности).
Сроки ознакомления с материалами дела затягивались, неоднократно продлевались, в деле постоянно появлялись новые доказательства и обстоятельства. В конце концов, в январе 2009 года, даже не успев ознакомиться со всеми материалами, Ходорковский и Лебедев подписали соответствующие документы.
16 февраля 2009 года в прессе появилась информация, что новые обвинения утверждены Генеральной прокуратурой РФ. Объем обвинительного заключения составляет, по словам одного из адвокатов М. Ходорковского – Юрия Шмидта, 14 томов. Второй же защитник опального олигарха посчитал отличительными чертами обвинительного заключения не только беспрецедентный объем, но и «степень бредовости обвинений». Юрий Шмидт ранее предполагал, что по вновь предъявляемым обвинениям Ходорковскому, в частности, может грозить до 22 лет лишения свободы.
В феврале 2009 года Михаил Ходорковский и Платон Лебедев были этапированы в Москву. 3 марта 2009 года Хамовнический районный суд г. Москвы начал предварительные слушания по новому уголовному делу. Ходорковскому и Лебедеву предъявили обвинения в том, что в составе организованной группы с основными акционерами ОАО «НК «ЮКОС» и другими лицами в период до 12 июня 1998 года они похитили акции дочерних обществ ОАО «Восточная нефтяная компания» на сумму 3,6 млрд. руб, в 1998–2000 гг. были легализованы похищенные на эту же сумму акции дочерних обществ ОАО «Восточная нефтяная компания», а также в 1998–2003 гг. они совершили