Сам Ходорковский так писал о событиях 1998 года:
«Не могу не отметить, что главной причиной смены моих личных жизненных установок в социально-предпринимательской сфере стал кризис 1998 года. До этого момента я рассматривал бизнес как игру. Только игру. Где надо (хочется) победить, но и проигрыш – не проблема. Игру, где сотни тысяч людей приходили утром на работу, чтобы поиграть вместе со мной. А вечером уходили к своим делам и заботам, со мной не связанным.
Это, конечно, очень схематично. Я сталкивался с проблемами и до 1998 года, но это были проблемы, за которые я лично ответственности не нес: я пришел, а так «уже было».
И вот 1998 год. Сначала весело – переживем! А потом – август. Катастрофа. Цена на нефть 8 долларов за баррель, себестоимость – 12 долларов за баррель. И нет денег, чтобы отдать долги, и нет денег на зарплату. А людям реально нечего жрать, и это – моя личная ответственность. А нефть внутри страны никто не покупает, на экспорт труба забита. Никто не платит. Банки-кредиторы грозят заблокировать счета за рубежом. В России банки просто не проводят платежи. Березовский дал мне кредит под 80 % годовых в валюте!
Приезжаешь на «вахту» – люди не орут, не бастуют – понимают. Просто в обморок падают от голода. Особенно молодежь, у кого своего хозяйства нет или дети маленькие. А больницы… Мы ведь и лекарства покупали, и на лечение отправляли, а здесь – денег нет. И главное – эти понимающие лица. Люди, которые просто говорят: «А мы, мол, ничего хорошего и не ждали. Благодарны уже за то, что приехали, разговариваете. Мы потерпим…» Забастовок с августа 1998 г. не было вообще.
В результате после преодоления кризиса мои жизненные установки начали меняться. Я не мог больше быть просто «директором»…»
В годы, последовавшие за дефолтом, Ходорковский сделал финансовое положение ЮКОСа и систему оплаты работников более прозрачными, компания начала исправнее платить налоги, выплачивать значительные дивиденды. Ходорковский и остальные совладельцы ЮКОСа раскрыли схему распределения собственности на пакеты акций «Менатепа», ЮКОСа и других компаний. При этом он открыто признавал, что, для того чтобы это сделать, ему пришлось преодолеть яростное сопротивление и со стороны близких друзей, и со стороны других «олигархов», которые отнюдь не желали обнародовать свои доходы. Как бы то ни было, действия руководства ЮКОСа по увеличению прозрачности компании сделали свое дело, и к 2004 году акции ЮКОСа стремительно выросли в цене.
Вместе с тем растет политический вес Ходорковского: в ноябре 1998 – октябре 1999 гг. входил в состав Коллегии Министерства топлива и энергетики России. В феврале 2001 года стал членом Совета по предпринимательству при правительстве России. В 2002 году на средства компании ЮКОС был создан фонд «Открытая Россия». Заявленная цель фонда