Созданный Ходорковским центр быстро стал коммерчески успешной организацией. Как и многие другие кооператоры конца 1980-х, Ходорковский с партнерами вскоре занялся импортом и сбытом компьютеров и пр. – бизнесом, который в ту пору приносил высокие прибыли. Одновременно Центр зарабатывал на так называемом обналичивании средств. В то время НИИ, в отличие от НТТМ, не имели права выплачивать своим сотрудникам за выполняемые сторонние заказы реально заработанные деньги. Чтобы обойти это ограничение, НИИ пропускали свои заказы через центры НТТМ, выплачивая им комиссионные – вначале 25 %, но постепенно, с ростом предложения этих услуг, суммы комиссионных снизились. Обналичивание средств было распространенной и узаконенной деятельностью. Ходорковский и коллеги просто занялись этим видом деятельности одними из первых, и уже в 1988 году суммарный оборот торгово-посреднических операций ЦНТТМ составил 80 миллионов рублей.
Используя деньги, полученные от своего бизнеса, в 1988 году Ходорковский с партнерами создали КИБ НТП (Коммерческий Инвестиционный Банк Научно-Технического Прогресса), переименованный в 1990 в «Менатеп» (сокращение от «Межбанковское объединение научно-технического прогресса» или «Межотраслевые научно-технические программы»). Будучи одним из первых негосударственных акционерных банков в СССР, «Менатеп» быстро расширялся, используя большую часть средств, полученных от продажи акций, для финансирования экспортно-импортных операций.
К тому времени как самим предпринимателям, так и многим высокопоставленным чиновникам была понятна обоюдная выгода от сотрудничества между негосударственными банками и государственными учреждениями, отвечающими за финансирование целевых правительственных программ. «Менатеп» быстро занял свое место среди так называемых «уполномоченных» банков, куда также входили Инкомбанк, Российский кредит, Альфа-банк, ОНЭКСИМ-банк, Автобанк, Промстройбанк и другие. Смысл этого заключался в том, что государственные учреждения открывали счета в определенных («надежных») коммерческих банках, которые таким образом получали в свое распоряжение дешевые государственные средства и могли зарабатывать себе на них прибыль (которая, в свою очередь, предоставлялась в виде кредитов госучреждениям).
Распад СССР и приход к власти Бориса Ельцина резко ускорил переход российской экономики на рыночные рельсы. Была осуществлена масштабная программа приватизации, в ходе которой значительная доля российской промышленности оказалась сконцентрирована в руках нескольких финансово-промышленных групп (ФПГ), ядром которых являлись коммерческие банки, а реальными владельцами – те, кого впоследствии назовут «олигархами».
«Менатеп», как и другие коммерческие банки, принял активнейшее участие в приватизации – в качестве наиболее прибыльных руководством банка были определены такие сферы, как текстильная промышленность, пищевая промышленность, строительство, промышленность строительных материалов, цветная металлургия (титан и магний), производство минеральных удобрений. Для руководства деятельностью зарождавшейся промышленной империи была создана специальная организация – «Роспром», для работы в которой привлекались лучшие специалисты бывших промышленных министерств и финансовых учреждений.
Часть предприятий, принадлежавших «Роспрому», позднее была перепродана, и к концу 1990-х годов от объектов первоначальной приватизации в собственности Ходорковского и партнеров остались в основном лишь предприятия, добывающие сырье для производства минеральных удобрений («Апатит» в Мурманской области) и занимающиеся его переработкой и транспортировкой. Впоследствии, через 10 лет, именно за нарушения, допущенные в ходе приватизации «Апатита», Михаил Ходорковский и его партнер Платон Лебедев будут осуждены, хотя их деятельность в те годы ничем не отличалась от деятельности остальных предпринимателей, была известна правительственным чиновникам и проводилась с их одобрения…
Осенью 1995 года банк «Менатеп» получил право на участие в аукционе на пакет акций госкомпании ЮКОС. Ходорковский и пять его партнеров стали владельцами 78 % акций компании, заплатив 309 млн. долларов. Купив ЮКОС, Михаил Ходорковский сразу остыл к банковскому делу и увлекся развитием нового бизнеса. Вспомнив свое первое образование, Ходорковский вплотную изучил процессы нефтедобычи и нефтепереработки, лично объездил все нефтедобывающие управления и НПЗ, вникая во все проблемы.
Следует сказать, что ситуация в компании в 1996–1998 была совсем иной, нежели в 2004 году, когда государство приняло решение вернуть ее обратно в свою собственность. На компании висели огромные