Тепер можна було переходити до організації великомасштабного виробництва цукру. Іван Герасимович, добре обізнаний з усіма агрономічними й технічними новинками в цій галузі, першим із цукрозаводчиків відокремив виробництво цукру-піску від цукру-рафінаду. Першу власну цукроварню Харитоненко збудував 1866 року в с. Кияниця на Сумщині. Невдовзі з’явилося таке ж підприємство в с. Красна Яруга на Білгородщині. Потім він викупив і переоснастив
Пархомівський завод у Харківській губернії. Завдяки впровадженню на ньому сучаснішої технології та устаткування підприємство почало виробляти за один сезон більш ніж на півтора мільйона рублів цукру і патоки. При заводі було влаштовано крамницю для робітників, які в рахунок зарплатні могли одержувати талони на купівлю необхідних продуктів.
У 1869 році підприємець збудував рафінадний завод у Сумах – найбільший на той час у Лівобережній Україні, який назвав на честь сина Павлівським. Наприкінці XIX сторіччя питома вага продукції цього підприємства становила вже 17 % від усього вироблюваного рафінаду в країні. Воно ввійшло до п’ятірки найбільших заводів цукрової галузі в російській імперії. Поступово Іван Герасимович викупив і всі орендовані ним до цього цукроварні. Особливо треба зазначити, що всі його підприємства були оснащені за останнім словом техніки: тут працювали водотрубні парові котли, парові турбіни, компресори, підвісні канатні дороги, безперервно діючі механізми, які господар особисто закуповував за кордоном.
У 1884 році Харитоненко купив землі з орендованим цукровим заводом у слободі Мурафа Харківської губернії й організував на них економію, названу на честь старшої онуки Оленівською. А потім придбав садибу Наталівка, розташовану неподалік, і доручив своєму синові Павлові облаштувати її.
Одночасно з цим цукрозаводчик активно скуповує великі ділянки землі для вирощування буряку. У 1880-ті роки йому вже належало 11 економій та маєтків у Чернігівській, Харківській, Сумській і Курській губерніях – у цілому близько 100 тисяч десятин землі. Причому кожен маєток мав свою спеціалізацію. так, в Ульянівському господарстві переважно вирощували цукровий буряк, зерно і кормові трави. Було тут і дослідне поле