Церковь Сошествия Святого Духа в Зачатьевском монастыре, Москва. Фото А. Савина
В 1585 году в новом Зачатьевском монастыре в Москве соборные приделы освящаются во имя патрональных святых царя и царицы.
После прихода на престол брата жены царя Федора – Бориса Годунова началось смутное время и польская интервенция.
Русь спасло народное ополчение, которое возглавил князь Пожарский. Ставка князя в 1612 году находилась на Остоженке. В августе 1612 года около стен Зачатьевского монастыря ополченцы князя Дмитрия Пожарского начали атаку на поляков и взяли приступом их укрепление близ Арбатских ворот, отразив попытку польского войска гетмана Хоткевича прорваться в Кремль. Монастырь сильно пострадал, но вскоре был возрожден.
К началу ХХ века монастырь представлял собой величественный ансамбль с четырьмя храмами и одиннадцатью каменными строениями.
После революции 1917 года монастырь не избежал судьбы многих обителей того времени. 16 марта 1925 года, за 9 дней до кончины, здесь служил свою последнюю литургию святой Тихон, Патриарх Московский и Всея Руси. Вскоре Зачатьевский монастырь был закрыт.
Перед закрытием монастыря последняя его игуменья Мария совершила последний молебен и после него поставила свой игуменский жезл к чудотворной иконе Царицы Божией Матери «Милостивая», как бы передав Богородице сестер обители под покровительство. Позже чудотворный образ вместе с жезлом был передан в находящуюся неподалеку церковь святого пророка Илии в Обыденном переулке.
В 1925 году многие строения монастыря обращены в «трудкоммуну для беспризорных».
В 1933 году с церкви Сошествия Святого Духа сняли купол и полностью перестроили здание.
Весной 1934 году был взорван великолепный по своей красоте и изысканности Зачатьевский монастырский собор, постройки великого русского архитектора XVIII века – М. Казакова.
Некоторые из монахинь после разорения обители не ушли отсюда, а прятались в подвалах близлежащих домов. Большинство же сестер было сразу отправлено по этапу в Сибирь. Многие погибли еще по дороге. Уцелевшие сестры подвизались при храме Пророка Илии, Обыденский храм стал духовным прибежищем для священнослужителей, монахинь и прихожан разоренного монастыря, оберегая монастырские реликвии и сохраняя традиции обители. В 1984 году умерла последняя из сестер.
Перед закрытием монастыря последняя его игуменья Мария совершила последний молебен и после него поставила свой игуменский жезл к чудотворной иконе Царицы Божьей Матери «Милостивая», как бы передав Богородице сестер обители под покровительство.
В 1991 году началось возрождение обители, когда приходом храма святого пророка Илии в Обыденском переулке было создано сестринство во имя Милостивой иконы Божией Матери. В 1993 году возобновились богослужения. Еще через два года, в мае 1995 года по благословению Святейшего Патриарха и Указу Священного Синода Зачатьевский