В 1684 году братия Боголюбского монастыря подарила юному Петру список с чудотворного образа Боголюбской иконы Божией Матери. По велению царя в 1684–1685 годах на месте деревянной Покровской церкви возводится каменная пятиглавая церковь во имя Боголюбской иконы Божией Матери. Своды этой церкви стали усыпальницей рода Нарышкиных, здесь были похоронены 18 родственников Петра I.
В память о погибших во время стрелецкого бунта 15 мая 1682 года дядьях Петра – Ивана и Афанасия – в 1690-х годах по велению царя строятся Святые врата с надвратным храмом Покрова Богородицы и двухъярусной колокольней. На территории южного двора обители Петр приказал соорудить братские кельи с церковью для монахов, чтобы молились за погибших родственников.
В 1682 и 1689 годах царь укрывался от стрелецких волнений в Троице-Сергиевой лавре. Вернувшись в Москву, в 1690–1694 годах он возводит в монастыре храм во имя своего духовного покровителя – преподобного Сергия Радонежского, в память о спасении во время стрелецкого бунта.
Во времена борьбы за власть с сестрой – царевной Софьей – Петр активно укреплял Высоко-Петровский монастырь, чтобы создать себе укрытие. Он укреплял стены Петровского монастыря, а центральный крест храма во имя Сергия Радонежского увенчал короной – символом царской власти, чтобы люди знали, что здесь будет молиться будущий государь.
При входе в храм Сергия Радонежского было построено царское крыльцо, с которого Петр I наблюдал крестные ходы.
Во время строительства метро весь мусор и землю сбрасывали на территорию монастыря, поэтому храмы были завалены почти на два метра.
В XVIII веке, во времена правления императрицы Елизаветы Петровны на территории монастыря были построены две церкви. Первая – Церковь в честь Толгской иконы Божией Матери – была построена на средства, пожертвованные Н.А. Нарышкиной в память о спасении Петра в Троице-Сергиевой лавре 8 августа 1689 года. Возведена она была в 1744 году архитектором И. Ф. Мичуриным к югу от колокольни. Название свое церковь получила, поскольку именно 8 августа (по старому стилю) чествуется Толгская икона Богоматери. Вторая церковь была возведена над южными воротами монастыря в 1753–1755 годах на пожертвования настоятеля монастыря архимандрита Пахомия в память его небесного покровителя – Пахомия Великого.
Высоко-Петровский монастырь. Фото И. Орленка
Высоко-Петровский монастырь был захвачен французами во время Отечественной войны 1812 года. В стенах монастыря французы расстреливали москвичей, обвиненных в поджогах, их тела закапывали возле монастырской колокольни. Монастырь был осквернен и разграблен. Церковь Пахомия Великого была осквернена так сильно, что ее удалось восстановить и вновь освятить только через столетие, в 1914 году. Церковь была переосвящена во имя апостолов