Депутаты партии «Братья-мусульмане» возмутились тем, что к статье 5 был добавлен параграф, запрещающий создание партий и любую политическую деятельность на религиозной основе. Такой запрет уже давно установлен текущим законодательством АРЕ, но он впервые вводился в Конституцию. Протесты же партии по поводу того, что их не включили в комиссию по подготовке конституционной реформы, спикер народного собрания Фатхи Сурур мотивировал тем, что они де-юре не являются легальной партией, что относится и к их парламентской группе.
Наиболее ожесточенную и дружную критику со стороны оппозиции вызвала модификация статей 88 и 179. Первая из них в старой редакции содержала положение о том, что на парламентских выборах «голосование должно проводиться под наблюдением членов юридических органов». Со ссылкой на это положение оппозиция и добилась того, что на выборах 2000 и 2005 гг. работу избирательных участков контролировали представители судейского корпуса, переезжая из одного района в другой.
Статья 88 отменяет контроль судей за каждой урной для голосования на выборах, передавая его в руки «независимой комиссии». Вместо этого должны создаваться независимые местные, окружные и центральная избирательные комиссии (тоже состоящие из судей). Но выборы предполагается проводить в один день, а при таком порядке ясно, что будет недостаток судей.
Вторая спорная статья получила полностью новую редакцию. Эта статья гласит: «Государство несет ответственность за защиту безопасности и общественного порядка перед лицом угроз терроризма. Закон устанавливает особые положения, относящиеся к доказательствам и расследованию под надзором судебных органов, необходимые, чтобы бороться с терроризмом. Процедуры, предусмотренные статьями 41 и 44 Конституции, никоим образом не должны препятствовать контртеррористическим действиям. Президент может направлять для рассмотрения в любой судебный орган любое террористическое преступление в соответствии с Конституцией или законом».
В данном случае борьба с терроризмом, которую ранее регулировало текущее законодательство, была поднята на конституционный уровень, что и вызвало протесты оппозиции. Статья 179 стала предусматривать, что правила выявления и расследования деяний, представляющих собой террористическую угрозу, должны регулироваться законом под надзором судей. Такой закон предстояло выработать, поэтому египетская общественность заподозрила, что этот будущий закон подменит собой Закон о чрезвычайном положении от 1981 г., вокруг которого уже много лет идет полемика. Тем не менее законопроект о конституционных поправках был одобрен при 315 голосах «за», а 26 марта 2007 г. он был вынесен на референдум. По официальным данным, в нем приняли участие 27 % граждан, наделенных правом голоса, и почти 76 % из них сказали «да». Теперь в соответствии с Конституцией Арабская Республика Египет объявлялась «демократическим государством, основанном на гражданственности». Объявляется, что суверенитет