Однако отношения Церкви и государства в первый год войны подлинным диалогом еще не стали. В это время нередки были рецидивы прежней политики, грубых административных, насильственных акций, прежде всего по отношению к приходам. Так, например, 29 января 1942 г. председатель двадцатки Серафимовской церкви К.И. Андреев писал в административный отдел Ленсовета, что здание храма с 22 января оказалось самовольно «взято райсоветом Приморского района под склад-распределитель для приема покойников, доставляемых из города и постепенного их захоронения. По распоряжению председателя тов. Белоусова без меня и члена двадцатки церковь была вскрыта, причем все имущество, утварь и проч. свалено к алтарю. Доступа в здание для меня нет». Деньги и продукты, хранившиеся в церкви, оказались расхищены, часовня внутри разломана, запас дров сожжен. Церковь вернули верующим только в апреле 1942 г.[98]
Зимой 1941/42 гг. разобрали на дрова часовню сгоревшей в марте 1941 г. и официально действовавшей до того времени церкви на Красненьком кладбище. У протодиакона Льва Егоровского служащие одной из воинских частей, несмотря на протесты, разобрали на дрова принадлежавшую ему хозяйственную постройку и т. п. Сохранялся запрет на посещение церкви военнослужащими и некоторыми другим категориями граждан. Так, в сообщении шефа германской полиции безопасности и СД о положении в Ленинграде от 16 октября 1942 г. говорилось: «В пределах допущенных Советами уступок были открыты для посещения 4 православные церкви [на самом деле ни один новый храм открыт не был]. Красноармейцам, однако, ходить в церкви строго запрещено».[99] Кроме того, сохранялась довоенная практика максимально тяжелого налогообложения священнослужителей, преследовавшая ранее цель заставить их отказаться от сана.
5 января 1943 г. Патриарший Местоблюститель предпринял важный шаг на пути к фактической легализации Церкви, использовав сборы на оборону страны. Он послал И. Сталину телеграмму, прося его разрешения на открытие Патриархией банковского счета, куда вносились бы все деньги, пожертвованные на нужды войны в храмах СССР. 5 февраля председатель СНК дал свое письменное согласие и от лица Красной армии поблагодарил Церковь за ее труды. Получив разрешение открыть банковский счет, Патриархия приобрела урезанный статус юридического лица.[100]
14 января 1943 г. и митр. Алексий направил телеграмму И. Сталину: «Православная Русская Церковь вместе со всеми народами великого Советского Союза горит одним желанием – всемерно помогать наступающей Красной Армии… Руководимая мною Ленинградская епархия, находящаяся в условиях блокады, до сего времени внесла в фонд обороны страны 3 182 143 рубля наличными деньгами, а также пожертвования ценными вещами. Руководствуясь призывом Патриаршего Местоблюстителя Митрополита Московского Сергия,