Уже через несколько дней начались репрессии. Возникло даже коллективное «церковное дело». 27–28 августа было арестовано несколько членов клира Никольской Большеохтинской церкви и священник Николай Ильяшенко. Однако осудить их не удалось, 4 сентября о. Николай был эвакуирован в тюрьму г. Новосибирска, а 15 июля 1942 г. освобожден, дело прекратили за недоказанностью обвинения. Также 28 августа оказался в заключении настоятель Никольской церкви в пос. Саблино Ленинградской области прот. Николай Близнецкий. Его эвакуировали в Новосибирскую область, где он и умер в тюремной больнице г. Мариинска 10 февраля 1942 г.[86] В первые месяцы войны был арестован и священник Спасо-Парголовской церкви о. Симеон. Он умер в ленинградской тюрьме к 1943 г. По свидетельству прихожан тело священника неизвестные люди привезли и положили на дороге у храма, заявив верующим: «Это ваш. Сами и хороните». Пастыря похоронили без гроба близ церкви на Шуваловском кладбище. Наконец, в начале 1942 г. был арестован из-за своего немецкого происхождения заштатный протоиерей Лев Мулл ер, работавший бухгалтером в Никольском соборе. Он был осужден как «немецкий шпион» и скончался в заключении 30 июня 1942 г.[87]
Летом 1942 г. оказалась разгромлена тайная т. н. иосифлянская община архим. Клавдия (Савинского), а всего, согласно справке начальника Ленинградского Управления НКВД, к 1 октября 1942 г. в городе было ликвидировано семь церковно-сектантских контрреволюционных групп. В дальнейшем репрессии в блокадном Ленинграде проводились уже только в отношении членов тайных иосифлянских общин. С середины 1942 г. и в целом в стране аресты клириков Московской Патриархии почти прекратились. Более того, из лагерей освободили десятки священнослужителей, в том числе к сентябрю 1943 г. 6 архиепископов и 5 епископов. Постепенно начали возрождаться епископские кафедры. Появились первые, пока еще редчайшие случаи восстановления закрытых храмов. Религиозные центры СССР признали де-факто, им снова разрешили устанавливать связи с заграничными церковными организациями.
Осень 1941 г. была очень тяжелым временем для страны. Фронт приблизился к Москве. 12 октября митр. Сергий написал завещание, первый пункт которого гласил: «В случае моей смерти или невозможности исполнять должность Патриаршего Местоблюстителя эта должность во всем объеме присвоенных ей патриарших прав и обязанностей переходит к Преосвященному митрополиту Ленинградскому