Казаки, видя решимость Борятинского и бессмысленность сопротивления превосходящим силам, решили в Кругу возвращаться на Дон. Воеводы были удовлетворены этим решением, но потребовали от атамана Уса выдачи всех беглых. Однако атаман отказался выполнить это требование. Воеводы же, со своей стороны, не решились сделать это силой. Узнав об этом, русский царь направил Войску Донскому грамоту, с требованием наказать воровского атамана и казаков, а также выдать всех беглых, чтобы другим неповадно было бегать. Войско, получив государеву грамоту, с требованием наказать воровского атамана Уса и унять голытьбу, разделилось во мнении.
Но в Войске, нашла коса на камень. Корнила Яковлев, сторонник промосковской партии старожилых и домовитых казаков, был скинут с атаманства за требование крайних мер по отношению к атаману Усу и его казакам. Вместо него войсковым атаманом был избран знатный старшина Михайло Самаренин. Новый атаман, ни каких жёстких мер по отношению к участникам похода не предпринял. В отписке же в Москву, Войско Донское заверяло царя, что строго наказало атамана Уса и его «бунташных» казаков, и ко всему прочему, лишило их государева жалованья. Беглых же крестьян, присоединившихся к Василию Усу и пришедших на Дон из шацких дворцовых сёл, Войско выдать отказалось, заявив, что «С Дону выдачи нет». Впрочем, этот отказ был связан не только с тем, что казаки считали этот принцип основополагающим в жизни донского казачества и его независимости, но и с дефицитом рабочих рук на Дону. Особенно он ощущался в хозяйствах домовитых казаков, занимавшихся рыбными промыслами. Хотя, как показало время, голутвенное казачество, без кола и двора, было палкой о двух концах.
В отписке, датированной августом 1666 года, казаки в свою очередь жаловались Алексею Михайловичу на своих недавних союзников и его подданных – калмыков. Которые, по их словам, «… чинят обиды большие», «… убили семерых казаков на реке Бузулук и в иных… розных местах многих казаков»; «Казаков перерезали, и кони, и коровы отгоняют» и «твою, великого государя, вечную отчины реку Дон… пусту учиняют». Очевидно, что между казаками и калмыками произошла крупная размолвка, переросшая в военные действия.
В сентябре 1666 года, Войско Донское отправило в Москву с вестями легковую станицу атамана Григория Филиппова (Трубача). Ни каких других сведений об этой станице найти не удалось.
В ноябре Войско Донское отправило в Москву зимовую станицу во главе с атаманом Михаилом Самаренином и есаулом Филиппом Васильевым в числе 26 человек. Казаки везли войсковую отписку и челобитную царю. В отписке войсковой атаман Корнила Яковлев сообщал о получении Войском государева жалованья, встрече посла Василия Тяпкина и отпуске его в Азов. А также о расследовании