Чанышев работал учителем в сельское школе с. Курманаево Уфимской губ. В сентябре 1913 г. призван на военную службу и зачислен рядовым в 3-ю артиллерийскую бригаду в г. Варшава. В Первую мировую войну артиллерийским разведчиком-наблюдателем в составе бригады воевал на Юго-Западном фронте в районе городов Лодзь, Львов, Перемышль. С января по май 1917 г. учился в Казанском военном училище, затем прапорщиком командовал ротой 240-го пехотного полка в г. Казань. В августе 1917 г. там же вступил в Красную гвардию и был начальником отряда при пороховом заводе и гарнизонном комитете. В Гражданскую войну Я. Д. Чанышев с ноября 1917 г. и. д. комиссара по управлению Казанским военным округом. В августе 1918 г. был арестован контрразведкой комитета Учредительного собрания в г. Уфа и до декабря содержался в тюрьме, затем находился в распоряжении Казанского военного комиссариата. С апреля 1919 г. командиром и военкомом 1-й батареи 1-й отдельной Приволжской стрелковой бригады воевал на Уральском фронте. С декабря 1919 г. в должности военкома артиллерийского дивизиона этой бригады сражался в Ферганской долине с басмаческими отрядами Мадаминбека, Курширмата, а также т. н. кулацкой «крестьянской армией» К. И. Монстрова. С мая 1920 г. там же, на Ферганском фронте, был военкомом 6-й отдельной стрелковой бригады. В сентябре 1923 г. Я. Д. Чанышев назначен пом. военкома 19-й стрелковой дивизии, затем направлен на КУВНАС при Военной академии РККА. После окончания курсов с августа 1924 г. командовал 1-м стрелковым полком 1-й стрелковой дивизии в г. Казань. С декабря 1924 г. и. д. военкома, а с 7 апреля 1926 г. – командира и комиссара этой дивизии. С сентября 1932 г. учился в Военной академии им. М. В. Фрунзе. С 31 декабря 1934 г. назначен командиром и комиссаром 3-й Туркестанской (68-й) горно-кавалерийской дивизии САВО в г. Термез. С 17 мая 1937 г. находился под следствием органов НКВД, в декабре 1939 г. освобожден «в связи с прекращением дела как оправданный». В апреле 1940 г. назначен старшим преподавателем кафедры общей тактики Военной академии РККА им. М. В. Фрунзе. С началом Великой Отечественной войны комдив Я. Д. Чанышев в той же должности. В начале ноября 1941 г. назначен командиром 103-й стрелковой дивизии, однако фактически дивизией не командовал. После тяжелых боев в окружении под Вязьмой она понесла большие потери и в декабре исключена из состава Красной армии, а комдив Я. Д. Чанышев был направлен в САВО на формирование 103-й стрелковой дивизии 2-го формирования (до 16 января 1942 г. именовалась как 463-я стрелковая). В середине марта она из г. Самарканд была передислоцирована в пос. Штормово и вошла в состав 28-й армии резерва Верховного главнокомандования. 10 апреля дивизия была передана 6-й армии Юго-Западного фронта и к 1 мая сосредоточена в районе с. Меловой Яр. С середины мая ее части в составе этой армии участвовали в Харьковском сражении, вели тяжелые бои в окружении. После выхода в начале июня комдив Я. Д. Чанышев принял командование 333-й стрелковой дивизией 9-й армии Южного фронта, части которой вели оборонительные бои на левом берегу р. Северский Донец. 22 июня противник форсировал реку и вынудил дивизию отойти в направлении Гороховатый. К 25 июня она была сосредоточена в районе Верхне-Боровая, после чего выведена
