Пункт двадцять шостий стосувався нової резиденції гетьмана, адже Гадяч, колишню резиденцію І. Брюховецького, Д. Многогрішний ще не контролював. Українська сторона прохала: «щоб царська величність ударував, звелів бути гетьманові й гарматам у Батурині», – на це «великий государ, його царська пресвітла величність, ударував бути за їхнім чолобиттям». Від цього пункту почалася історії Батурина як «гетьманської столиці».
Важливим питанням для української сторони, як зазначалося вище, було перебування в Гетьманщині російських воєвод, а також їхні права й функції. Згідно з третім пунктом, українська сторона прохала: «Гетьман Богдан Хмельницький постановив у колишніх статтях, щоб воєводам царської величності бути з ратними людьми в Переяславлі, Ніжині, Чернігові, і хай би нині його царська величність не вказував бути воєводам і ратним людям у малоросійських містах, оскільки від них були численні сварки й докуки, від того й війна почалася [тобто війна І. Брюховецького проти Москви. – Т. Г.]». Російський цар на це наказав воєводам та військам «бути в Києві, в Переяславлі, в Ніжині, в Чернігові та в Острі». Вони мали там перебувати, «для оборони від ворогів і щоб надалі не було ні від кого в малоросійських містах ніякого хитання та зради [тобто антиросійських настроїв. – Т. Г.]». Проте цар обмежив права воєвод: він погодився вдовольнити прохання українців, щоб не російські воєводи збирали в Гетьманщині ті податки до царської скарбниці, а їх «збирання <…> покласти на гетьмана, а гетьман приставить на те вірних людей, а вчинить ті збори, коли Україна прийде в первісне становище». Також воєводи вже не могли одноосібно чинити суд над українським населенням (до судових органів, за волею царя, мали залучати «значних, добрих і розумних людей з-поміж малоросійських жителів»). Російські воєводи тепер були покликані здебільшого «мати начальство над ратними людьми, яких прислано на оборону», а місцевих мешканців, «їхні права та вольності, та суди, та всілякі справи» вони не мали чіпати. У разі порушень з боку російських «ратних людей» цар пропонував місцевому населенню писати до Москви та воєводам скарги. Таким чином, згідно з зазначеним пунктом, кількість російських воєвод та залог в українських містах зменшувалася. За Московським договором І. Брюховецького, їх мало бути 10, а тепер – лише 5 (хоч українська сторона прагнула, щоб їх було лише 3). Але головне, що тепер воєводи не втручались у місцеві судові та фінансові справи. Отже, Гетьманщині було фактично повернуто її фінансову та судову автономію – і це здобуток