Босвел был далеко. Он бежал в Данию, но прислал в Эдинбург слугу, который должен был выкрасть из его дворца ларец с важными бумагами. Посланца схватили и подвергли пыткам. Не выдержав их, слуга выдал тайник. Ларец был найден и открыт в присутствии шотландских лордов. В нем находились бумаги Босвела, письма и сонеты королевы и другие важные документы. Они свидетельствовали о причастности королевы к убийству Дарнли. В шотландском парламенте «письма из ларца» были зачитаны вслух. Их содержание стало широко известно и в Европе. Однако уже тогда многие считали эти письма подделкой. В наши дни ученые тоже разделились на два лагеря: одни считают их фальсификацией, другие убеждены в их подлинности.
Казалось, Марии не на что надеяться. Но она продолжила борьбу. 2 мая 1568 года ей с помощью Джорджа Дугласа, одного из лордов-католиков, удалось бежать из Лохливена. Мятежный лорд сумел собрать под ее знамена 6 тысяч воинов. Однако 13 мая Меррей разбил это войско. Марии пришлось бежать в Англию и обратится за помощью к Елизавете. С этого момента фактически и начинается история суда, а точнее, судов над шотландской королевой.
Елизавета отказалась от свидания с Марией и выдвинула условие: та должна очиститься от обвинения в соучастии в убийстве Генри Дарнли. Мария Стюарт после некоторого колебания согласилась. Для расследования дела была создана комиссия из английских пэров. Главным обвинителем был Меррей, а защищал Марию епископ Лесли. Первый суд не нашел достаточного количества улик против королевы. Однако и подозрения с шотландской королевы сняты не были. Елизавета по-прежнему не допускала ее ко двору, но и выпускать из Англии не хотела, опасаясь за свою власть и судьбу протестантизма в стратегически важной для Англии Шотландии.
Практически Мария находилась в заточении, хотя ей и не вынесли обвинительного приговора. Ее переводили из замка в замок, хотя содержали с комфортом. Бывшая королева ела на серебре. Ее покои освещались дорогими свечами. У нее было около пятидесяти слуг. Елизавета ежегодно выдавала на содержание узницы 52 фунта. Ежегодный пенсион в 1200 фунтов присылали из Франции.
Но Мария Стюарт не смирилась. С первых же дней заточения она сумела установить контакты со своими сторонниками в Париже, Мадриде и Шотландии и вела с ними оживленную переписку. Письма прятали в белье, книгах, под подошвами обуви, в крышках футляров с драгоценностями. Однако очень скоро все каналы общения королевы с внешним миром становились известны английскому министру полиции Уолсингему. Друзья