Первым делом она объявила народу, что Дарнли не причастен к заговору и внешне изменила свое отношение к мужу. Супруги вернулись в Холируд в полном согласии. 19 июня 1566 года у них родился сын, будущий король Англии Иаков I. Елизавета поздравила родителей и на крестины подарила новорожденному золотую купель, украшенную драгоценными камнями.
Королева Мария очень изменилась. Несмотря на счастливое разрешение от бремени, она была мрачна и часто плакала. Она снова влюбилась. Ее избранником на сей раз стал верховный адмирал и главнокомандующий вооруженными силами Шотландии Джеймс Хепберн, граф Босвел. Это был сильный и смелый воин авантюрного склада. Хотя Босвел был женат, а Мария Стюарт замужем, все равно они стали любовниками. Однако Босвел вскоре охладел к королеве. Она понимала: единственное, чем она может привязать его к себе, это корона Шотландии. Она могла сделать его королем. Конечно, королева могла развестись с мужем, но это плохо отразилось бы на ее сыне, его стали бы считать незаконнорожденным. И, по-видимому, Мария решилась на преступление. В стремлении избавиться от никчемного короля ее поддерживали многие лорды.
В это время Дарнли, который как будто бы что-то предчувствовал, уехал в свой родовой замок, где перенес оспу. Мария поехала за ним и уговорила вернуться в Холируд – она сама заманила его в ловушку. Но Дарнли отвезли не в королевский замок, а поместили в небольшом одиноко стоящем доме за городской стеной Эдинбурга, так как якобы опасались распространения оспы. Мария часто навещала мужа. 9 февраля она как обычно появилась в домике, но вскоре ушла, так как спешила в замок на свадьбу слуг. А в два часа ночи страшный взрыв разнес в щепки дом, где находился король и его слуги. Их трупы нашли в саду; поговаривали, что их задушили.
Поведение королевы после смерти мужа многим казалось странным. Она не соблюдала траура и ничего не сделала, чтобы разыскать и наказать виновных. Правда, тем, кто назовет имена убийц, была обещана награда в две тысячи шотландских фунтов. Однако желающие так и не объявились, а на рыночной площади появились афишки, где убийцей называли Босвела и его слуг. Тем не менее Мария приняла его в замке лорда Сентона, куда вместо приличного для нее уединения отправилась погостить.
Теперь даже Папа Римский, ее всегдашний покровитель, гневно обличал королеву. Елизавета настойчиво советовала ей не бояться задеть тех, кто ей близок, но виновен, то есть Босвела. Однако Мария потеряла всякую осторожность. Тогда отец Дарнли, граф Ленокс, потребовал ареста Босвела. Королеве пришлось дать согласие на суд над дорогим ей человеком. Однако Босвел не растерялся. В его руках была армия. Он явился в зал заседаний с мечом на боку и в окружении