7 января 1598 г. последний представитель династии Рюриковичей, формальный царь Федор Иванович, скончался, не оставив наследника. 21 февраля после многих упрашиваний, под угрозой отлучения от церкви Борис согласился исполнить просьбу бояр и занять опустевший трон. 30 апреля он переехал в Кремль и поселился с семьей в царском дворце. К тому времени у них с Марией росли дочь Ксения, родившаяся в 1582 г., и сын Федор, появившийся на свет в 1589 г.
Летом того же года крымский хан Казы-Гирей во главе 150-тысячной орды подошел к Москве. Годунов не взял на себя главного начальства над русским войском, а поручил его князю Федору Мстиславскому, сам же занял место рядом с ним. Началось сражение, в котором обе стороны понесли потери. К вечеру хан приблизился к селу Воробьеву и посмотрел с вершины холма на столицу. Годунов пошел на военную хитрость и приказал без перерыва палить из пушек. Пленники сказали Казы-Гирею, что в Москве стреляют от радости, потому что туда пришли на помощь новые силы из Новгорода и других земель, и русские готовы на другой день утром перейти в атаку. Крымский хан немедленно начал отступление. Мстиславский и Годунов во главе русских войск начали преследование неприятеля и возле Тулы разбили его отставшие войска. Самого Казы-Гирея догнать не удалось. Из этого похода царь вернулся в столицу с триумфом. Но среди москвичей пошли слухи, что Борис сговорился с крымцами, чтобы отвлечь людей от других проблем.
1 сентября 1598 г. Борис Годунов венчался на царство. Это сопровождалось, кроме пиров во дворце и угощений народа, неслыханными послаблениями. Служивым людям было выдано двойное годовое жалованье, купцам дано право беспошлинной торговли на два года, земледельцы освобождались на год от податей; сидевшие в тюрьмах получили свободу, опальные – прощение, вдовы, сироты и нищие – вспоможение и съестные припасы. Казни фактически были отменены.
По-прежнему, получив известие о наводнении, пожаре или неурожае, царь торопился отправить деньги, съестные припасы, одежду в пострадавшие земли. Будучи весьма активным, он часто доставлял это сам, объезжая владения. Россия еще не видела такого деятельного правителя. Есть сведения, что он хотел завести в Москве высшую школу, где бы учили иностранцы, но наткнулся на сопротивление духовенства. Понимая важность образования, Годунов первым из царей послал дворянских отроков в Англию, Францию и Австрию «для науки разных языков».