Между тем в стране начались беспорядки, которые впоследствии были названы левоэсеровским мятежом.
Дзержинский явился в отряд Попова с требованием выдать Якова Блюмкина, но был разоружен восставшими эсерами.
Через некоторое время левоэсеровский мятеж был подавлен. Всех, кто каким-либо образом был причастен к террористическому акту и мятежу, расстреляли. Хотя главное действующее лицо – Яков Блюмкин остался в стороне. Сначала он залечивал раны в Рыбинске и Гатчине, а затем отправился в Украину, чтобы заслужить доверие советской власти.
16 мая 1919 года Президиум ВЦИК специальным постановлением амнистировал Блюмкина. Спустя несколько месяцев по рекомендации чекиста № 1 – Дзержинского Якова Григорьевича приняли в члены партии ВКП(б).
В дальнейшем он возглавил штаб бригады Красной Армии. В 1919–1921 гг. учился в Военной академии РКК и служил секретарем у Троцкого. В это время Блюмкин проживал в Москве в шикарной четырехкомнатной квартире. Дорвавшись до власти, Яков жил на широкую ногу, попирая все нормы морали. На его рабочем столе всегда лежал раскрытый на одной и той же странице томик Ленина, в котором он прятал кокаин.
В 1925 году его убрали из Москвы за болтливость и перевели на работу в ОГПУ Закавказья. Именно там он сдружился с Берией.
К этому же времени относится попытка Блюмкина найти загадочную страну – Шамбалу. Во время экспедиции Яков познакомился с Николаем Рерихом и даже стал вдохновителем его первого завещания, по которому все имущество и литературные права Рерих передавал в ВКП(б), назначая распорядителями Сталина и Чичерина. Загадочную страну так и не удалось найти, но под руководством Блюмкина были собраны богатейшие коллекции лекарственных растений и минералов.
В декабре 1926 года по заданию центра экс-террорист был отправлен в Китай, а затем был переведен на повышение в Монголию. 24 сентября 1928 года, выполняя очередное задание партии, Яков Блюмкин (купец Якуб Султанов) отправился в Турцию. Со своими задачами он справлялся удачно. Не зря ОГПУ считало его суперразведчиком и многое прощало.
Но 16 апреля 1929 года Яков Блюмкин допустил роковую ошибку. На Кипре он встретился со своим бывшим руководителем – Львом Троцким, который предложил ему начать работать на оппозицию. И тщеславный авантюрист, уверовавший в свою безнаказанность, согласился. Возвращаясь на родину, Блюмкин, подвыпив, разболтал Карлу Радеку о встрече с Троцким. Радек сразу же донес обо всем Сталину.
На родине Блюмкина встретили как героя, но сразу же установили за ним наблюдение. Его новая любовница – Лиза Горская оказалась агентом ОГПУ. Именно она и сдала его властям.
3 ноября 1929 года дело Якова Григорьевича Блюмкина было рассмотрено на судебном заседании в ОГПУ. Он обвинялся по статьям 58 п. 4, 58 п. 10 УК РСФСР (за повторную измену делу пролетарской революции и советской власти, за измену революционной чекистской власти). Приговор – расстрел.
В архивах ЧК сохранилось