Березовский был первым, кто всерьез заговорил с чеченцами о нефти. Ичкерийские повстанцы руководствовались самым простым соображением: если Чечней занимается такой крупный предприниматель, следовательно, деньги будут. Один видный полевой командир говорил: «А почему бы нам не любить Березовского? Он если и украдет, то не у нас, а у России. Что-то и нам перепадет, и мы ему спасибо скажем».
Весной 1997 года предприниматель был введен в состав федеральной комиссии по проблемам Республики Чечни и одновременно на собрании акционеров АО «Логоваз» освобожден от должности председателя совета директоров компании.
Однако уже в конце года президент Б. Ельцин подписал указ об отставке Березовского с должности заместителя секретаря Совета безопасности «в связи с переходом на другую работу». Никакой информации о новом назначении в указе не содержалось. По данным печати, главным «виновником» отставки следовало считать парламент, который «решительно осуждал его подстрекательские, провокационные призывы к вооружению казачества и высказанную им готовность добиваться этого, используя свое служебное положение». Сыграло свою роль также и наличие у Березовского двойного гражданства.
В феврале 1998 года отставной государственный функционер был госпитализирован в Центральную клиническую больницу Минздрава России с диагнозом «сотрясение мозга». Официальное объяснение этого случая звучало так: «после неудачного катания на снегоходе». Однако в прессе высказывались различные догадки, и никто не верил в случайность бытового травматизма…
Бориса Березовского заслуженно называли создателем новых экзотических форм приватизации. Одна из них – «виртуальная» – заключалась в том, что в ее результате появлялась возможность полностью распоряжаться ресурсами фирмы, имеющей совершенно других собственников. То есть, имея все финансовые права, не нести никакой финансовой и юридической ответственности за ее хозяйственную деятельность. Осуществляется этот способ «приватизации» путем внедрения «своих людей» в высшее управленческое звено компании и установления контроля над ее финансами с помощью обслуживающих ее счета дружественных банков.
Так были выстроены отношения «империи Березовского» с авиакомпанией «Аэрофлот». В мае 1996 года руководители 152 зарубежных представительств «Аэрофлота» получили распоряжение начальства направлять 80 % вырученных ими средств в Лозанну на счета некоей фирмы «Андава». До этого все деньги, заработанные от продажи билетов и топлива, а также за услуги, оказанные иностранным компаниям, зарубежные представительства оставляли на счетах в местных банках. И хотя раз в месяц они должны были отчитываться перед Центром международных расчетов «Аэрофлота», проконтролировать их деятельность из Москвы было довольно трудно. По предложению заместителя гендиректора компании