Однако, достигнув этой вершины, Березовский достаточно круто изменил сферу деятельности, перейдя из науки в бизнес: «Я был абсолютно счастлив, потому что занимался любимым делом. А потом эта жизнь закончилась, в 1989 году, когда в институте перестали платить зарплату, я почувствовал, как повисла в воздухе какая-то неопределенность, угроза, и жить стало неуютно. Я – человек, чувствительный к внешним изменениям. Эту угрозу, эти подземные гулы я почувствовал раньше других. Хотя внешне все оставалось спокойным: жена, двое детей, квартира, машина напополам с приятелем, докторская зарплата. Однако я почувствовал, что прежняя жизнь завершается. И попытался предугадать новую, еще неявную жизнь, перемены, грядущие в огромной стране. И принял абсолютно нетривиальное решение: больше не заниматься наукой, а начать заниматься бизнесом, который в то время назывался “спекуляцией”».
Первым его шагом стало сотрудничество с директором Волжского автомобильного завода В. Каданниковым, для которого группа Березовского разрабатывала системы автоматизированного проектирования. Завязав связи с руководством завода, предприимчивый ученый в 1989 году организовал вместе с С. Жабоевым акционерное общество «Логоваз», основным направлением деятельности которого стала продажа автомобилей. АО «Логоваз» за четыре года выдвинулось на одно из первых мест в частном бизнесе России – к 1993 году его оборот превысил 250 млн долларов: «Когда я ушел в бизнес из научного института, где проработал двадцать с лишним лет, мне говорили: ты сумасшедший. Зачем? У тебя есть перспектива стать директором института. Сейчас бы, наверное, стал… Никто никогда не продавал в России иномарки. Мы привезли первую партию – 886 «фиатов». Мы взяли кредит 7 млн долларов, выложились до копейки, мне говорили: ты сумасшедший. Их никто не купит. Их по дороге растерзают. И вот приходит замдиректора АвтоВАЗа – и стоят эти «фиаты» на стоянке, как летающие тарелки с Марса».
В это же время бывший ученый, а ныне преуспевающий бизнесмен, его супруга Галина Алексеевна и их дети Артем и Анастасия предусмотрительно получили гражданство Израиля – на всякий случай. (С тех пор, правда, семейное положение Бориса Абрамовича не раз менялось – он сменил двух официальных жен, еще одной, гражданской женой бизнесмена стала Елена Горбунова. Сейчас он отец шестерых детей, самый младший из которых родился в 1997 году.)
Весной 1994 года Березовский возглавил